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All user feedback and issues of hiplot.

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gold's Issues

New: Lasso Analysis

Contact: benben-miao / [email protected]
Lasso Analysis

密码记不住

Contact: 张子震 / [email protected]
可以找回密码吗？

拷贝数示例数据

Contact: 李子都 / [email protected]
想试试您们的拷贝数可视化，但是发现你们提供的示例数据链接不能打开

临床小工具开发

Contact: Hiplot Team / [email protected]

New: PCoA analysis and plot

Contact: benben-miao / [email protected]
New: PCoA analysis and plot

Compress images size and replace URLs

弦图出错

Contact: ZHE PAN / [email protected]
tmpcode: ctKNxK3
Error in kmeans(currentColorSpace, k, iter.max = 20) : object 'color_num' not found Calls: distinctColorPalette -> kmeans Execution halted

New: PCA calculate and plot

Contact: benben-miao / [email protected]
New: PCA calculate and plot

作图小白，希望能加一些比较基础的功能

Contact: 张天虎 / [email protected]
平时用个prism作的图比较粗糙，希望hiplot团队可以出一些画简单图的功能，比如紫外分光光度数据、XRD数据的线形图等～感谢西红柿

New: Ridge regression and plot

Contact: benben-miao / [email protected]
New: Ridge regression and plot

Improved Complexheatmap Mutation Heatmap

Contact: Jianfeng / [email protected]

新增基于 Complexheatmap 的突变热图

参考输出：

TCC-GUI: a Shiny-based application for differential expression analysis of RNA-Seq count data

Contact: Jianfeng / [email protected]
Source Code: https://github.com/swsoyee/TCC-GUI

统计显示有问题

Contact: Chao Peng / [email protected]
tmpcode: w3SSWFb
我设置了四个组别，图片中只显示了三个组之间的比较，另外，第3和第4组我单独拿出来作图是有统计意义的，但是在该图中没有体现

常用组学数据分析的标准化流程分析功能：用户提交数据，通过 FTP 返回标准报告

Contact: Hiplot Team / [email protected]

Chnage Tiny Tiny RSS Default Theme

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://hiplot.com.cn/ttrss

Feedly-Cozy:

add scatterpie

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://cran.r-project.org/web/packages/scatterpie/vignettes/scatterpie.html

增加kaplan-meier plot的请求

Contact: QIAN ZHAO / [email protected]
希望能够增加KM plot,用logrank比较不同治疗间的累积缓解率。谢谢！

Setup Galaxy Mirror Server

Contact: Jianfeng / [email protected]
Put it as https://hiplot.com.cn/app/galaxy

group 标签无法更改

Contact: 彭若谦澳门大学 / [email protected]
"name” 和 “value” 的标签都可以随着表格内的表头名称而变化，但是 “group” 不可以，希望更改为可变的

7PeFnB4 体重增加量

Contact: 梁晖 / [email protected]
只有前三项的比较signif，value，没有第一项与最后一项正常组的比较signif、value，运行了几次都是一样，是否我输入有误？

新增 ggcorrplot2 相关性热图

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://github.com/caijun/ggcorrplot2

热图行注释和列注释的颜色提供主题选择

Contact: Jianfeng / [email protected]
现在的默认颜色有点不太好看

Construct Tree-shaped Trajectory for Flow and Mass Cytometry data

Contact:Jianfeng / [email protected]

https://github.com/JhuangLab/CytoTree

弦图

Contact: 彭若谦-澳门大学 / [email protected]
建议增加弦图的绘制

EnhancedVolcano becomes a pseudo-EnhancedMA

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://www.biostars.org/p/457769/

bubble red 为纯色没有反映 P 值变化

Contact: Jianfeng / [email protected]
建议再新增红蓝及其他一些比较好看的渐变颜色

箱线图

Contact: Chao Peng / [email protected]
希望增加标题居中，以及删除图例等选项

scRNA-Seq APP

Contact: Hiplot Team / [email protected]

shiny-cnv 插件 UI 美化

Contact: Jianfeng / [email protected]
CNV 可视化算是比较高频的一个需求。感觉这个 APP 的 UI 可以再美化一下 https://github.com/hiplot/shiny-cnv

比例韦恩图

Contact: Zhen Wang / [email protected]
tmpcode: NanJxQN
比例韦恩图绘制结果有错误，无法显示三个样品之间重叠的比例

桑基图的改进建议

Contact: 彭若谦-澳门大学 / [email protected]
结果图像的item排序可按照导入表格的item顺序进行排列

箱线图统计问题

Contact: Chao Peng / [email protected]
目前箱线图仅显示第一组与后续各组之间的统计比较，但是后续组别之间的统计比较不能体现，申请添加该项选择（可以进行除第一组外后续组别的比较），最好可以自由选定可进行比较的组别，谢谢

融合基因结构可视化 (AGFusion)

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://github.com/murphycj/AGFusion

新增统一文件读取包：XLSX、TXT、CSV、RDS 等

Contact: Jianfeng / [email protected]
目前有些文件读取仅设置为 txt、csv，可以考虑使用统一的文件读取函数（新创建一个开源包来做），支持更多文件类型：

txt
txt.gz
csv
csv.gz
xlsx
xls
rds
Rdata

Broad GSEA Analysis (4.1.0, msigdb_v7.1)

Contact: Jianfeng / [email protected]

新增书籍文档：clusterProfiler, ggtree, circlize

Contact: Hiplot Team / [email protected]

WGCNA Shiny & WGCNA

Contact: Jianfeng / [email protected]

TOM Plot 在 WGCNA Shiny 没有正常输出
WGCNA Vue 还漏掉了一个 TOM.tom-block.1.Rdata 文件没输出

humancellatlas.usegalaxy.eu

Contact: Zhen Deng / [email protected]
希望能将欧洲Galaxy镜像humancellatlas.usegalaxy.eu加入

PCAtools: everything Principal Components Analysis

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://github.com/kevinblighe/PCAtools

New: K-mean cluster diagram in paper

Contact: benben-miao / [email protected]
New: K-mean cluster diagram in paper of <Derivation, Validation, and Potential Treatment Implications of Novel Clinical Phenotypes for Sepsis>

密码记不住

Contact: 张子震 / [email protected]
可以找回密码吗？

7PeFnB4 体重增加量

Contact: 梁晖 / [email protected]
只有前三项的比较signif，value，没有第一项与最后一项正常组的比较signif、value，运行了几次都是一样，是否我输入有误？但之前另一份表格也是这样导入，一样可以比较几组之间的value

建议添加新功能

Contact: Chao Peng / [email protected]
PLS-DA，和OPLS-DA，微生物组学和代谢组学都可以用到

map-world 考虑使用 coord_quickmap 和插件数据源更新

Contact: womeimingzi11 / [email protected]
世界地图这个工具，我发现似乎没有使用适当的 coord，这使得地图比例变形
我通常的做法是添加 coord_quickmap()，一般来说效果可以接受
另外我看到数据源应该是 GADM （Database of Global Administrative Areas）这个数据源
但实际上这个数据源对于很多国家和地区的描述存在不恰当
即便去除争议地区等政治诉求的考量。只是出于地理上的考量，我记得 HK 和 Macau 在地图上的坐标是需要手动修正（这个是多年前遇到的问题，现在也不是记得非常确切了）

新增 VCF 文件注释工具（VEP/vcfanno）

Contact: Jianfeng / [email protected]
https://github.com/brentp/vcfanno
https://github.com/Ensembl/ensembl-vep

弦图改进建议

Contact: 彭若谦澳门大学 / [email protected]
数据标签可沿半径方向放置，有利于显示文字长度较长的标签

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