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doctorying's Introduction

DoctorYing

Developing a visual software

软件开发需求

1. 测序数据格式转换(fastq 转变为 fatsa),并进行基因片段拼接。

已完成,确认中。

2. 数据分割并上传到IMGT网站(www.imgt.org ,须翻墙),分析结束后下载结果文件。

从网络分层角度考虑,软件开发属于应用层面,应该和网络层隔离。 我这边会开发上传到改网站的功能,然后需要在网络可以访问外网的网络环境下去执行。

网站处理过的文件是如下形式:https://share.weiyun.com/58ag96B 因为网站最多支持50万的数据,所以数据会被分割成很多个小文件上传到网站中, 网站处理完后,需要将这些小文件下载下来,合并成一个文件,再做统一处理。

3. 整合结果文件,需要根据关键字段对记录(根据结果文件的标题)进行查找,筛选,分类汇总等。(目前是存入postgresql数据库)

根据所需要的列名去文件中提取某一列的数据,主要是需要提取1、6、9文件的内的数据。

这一步的步骤,简而言之,就是从文件中取某些列,对数据做一些预处理,至于要不要做预处理,也需要@吴艳玲 确认一下

4. 对于所选字段的数据分析(包括平均值,频数,频率,T检验,卡方检验,回归分析等)。(目前用R语言)

使用R语句的函数直接计算平均值,频数,频率,T检验,卡方检验,回归分析,这一块如何计算,需要什么样的结果需要跟@吴艳玲来沟通一下

这一步的计算过程,简而言之就是,从文件中,提取一列,然后使用一个函数(都是现成的函数),处理一下,把结果生成出来,就完事了, 取哪一列,调哪个函数,需要吴艳玲这个给一个具体的需求,或者说,可以把一些常用的函数和方法,写成一个灵活的,可以自己去配置,然后执行的那种。

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