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covidmtk's Introduction

Hi there 👋 I'm Tabita

ℹ️ Info

  • 🎓 I’m currently working on my MSc Mathematical Engineering thesis.
  • drawing I'm part of the organizing team of TensorFlow User Group Santiago, the first official community in Chile recognized by Google. Check out our GitHub repo.
  • 🌱 I’m currently learning statistics and machine learning and academic writing.
  • 👀 I'm interested in MLOps and want to learn more about it.
  • 👯 I’m looking to collaborate on a proyect using The Julia Programming Language.
  • 🏋 I'm working toward my goal of doing the 'O' trek in to Torres del Paine.

💻 Languages and Tools

⚡ Recent GitHub Activity

  1. ❗️ Opened issue #2 in tabitaCatalan/lapnet
  2. ❗️ Closed issue #13 in tabitaCatalan/kalman
  3. 🗣 Commented on #13 in tabitaCatalan/kalman
  4. ❗️ Opened issue #13 in tabitaCatalan/kalman
  5. 🗣 Commented on #3 in tabitaCatalan/CovidMTK

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covidmtk's Issues

Mejorar las opciones para graficar los distintos estados

Problema

Los gráficos no son satisfactorios, los labels se podrían mejorar, la notación científica no se ve bien, etc.

Grafico defectuoso

Cosas que mejorar

  • Usar LaTeX en los ticks
  • Usar LaTeX en los nombres de las variables
  • Corregir la indexación de las variables en los labels.
  • Agregar una opción para usar notación científica. Existe una forma pero no es compatible con las opciones actuales para graficar.
  • La posición de las leyendas tapa los gráficos, tal vez debería ir afuera.
  • Opción para destacar solamente un grupo/comuna. Ese se graficaría con su color correspondiente, mientras que todos los demás serían líneas grises.
  • Cómo latexificar fechas

Elección de parámetros

Problema

Necesito una forma mejor de decidir qué parámetros usar. Hasta ahora simplemente estoy usando parámetros γₑ, γᵢ sacados de la manga.

Solución 1: Multiple Model Kalman Filter

  • Buscar artículos potencialmente útiles
  • Encontrar una metodología para estimar parámetros fijos: multiple model selection from Simon.
  • tabitaCatalan/kalman#9
  • Probar la metodología en el caso sintético. <--- esto falló 😞
  • Usarlo para obtener parámetros mejores
  • ¿Tienen sentido los nuevos parámetros?

Esto falló debido a la naturaleza extremadamente competitiva de MMKF.

Solución 2: Aumentar el estado en el filtro de kalman y ver a qué converge.

  • Crear un modelo aumentado, donde las tasas son parte del estado
  • Correr para los datos
  • Restricciones de integridad para las tasas en 1/días.
  • Ajustar las varianzas iniciales y del modelo
  • Ver las tasas convergen a un valor fijo con el caso sintético
  • Estudiar sensibilidad

Si esto funciona, se puede hacer para el caso real, y además hay que buscar una justificación en la literatura.

Borrador de presentación con resultados

Una presentación básica en html con los resultados que le mostraremos a los investigadores. Esto debe incluir

Acerca del modelo y la metodología

  • Explicar el modelo de varias clases
  • Un repaso rápido de filtro de Kalman
  • La metodología seguida, modelo, variables, supuestos, problemas, etc.

Resultados

  • Un ejemplo bien mostrado del caso sintético. Esto incluye mostrar el control y una comparación.
  • El mejor caso con 5 grupos socioeconómicos.

Acerca de los gráficos

Automatización de la obtención de los resultados

  • Creación y guardado con un nombre adecuado de las imágenes obtenidas. Deberían ir en la carpeta del repo Paper-Tesis (esto para tabitaCatalan/Paper-Tesis#1) .

Movilidad inicial de las distintas comunas

Problema

Hasta ahora, para construir la matriz de tiempos de residencia, he estado usando el mismo valor de tiempo de residencia en el hogar inicial (0.5). Usando el algoritmo para analizar la EOD se pueden obtener los datos de tiempos de residencia para las distintas comunas. ¿Es significativo el cambio?

Cosas que hacer

  • tabitaCatalan/lagrangian-time#9
    Esto ya está hecho en MATLAB, habría que ajustarlo un poco.
  • Obtener valores de tiempos de residencia inicial en el hogar y correr el código con esos valores
  • Estudiar la sensibilidad, ¿qué tanto cambian los resultados cuando se usan los nuevos datos?

Número reproductivo efectivo

Estoy tratando de calcularlo usando ModelingToolkits. Necesito poder obtener una función que pueda evaluar en el tiempo.
He estado intentando hacer algo como lo que aparece en este tutorial, pero hasta ahora no he logrado correrlo.

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