superjunier666 / livervesselwithgraph Goto Github PK

作者您好，非常感谢您在githun分享的肝脏血管分割任务项目。受限于自身功底，课题处于瓶颈期，在学习您的代码，按照您更新后的centerline_extract.py文件，我重新执行了流程，近日在3_graph_liver.py文件中遇到了困难，找了身边同学也没有能解决，想向您请教 在2_train_val_split.py后（7：3），产生了F:\Code\Liver_vessel\pre_data\train以及F:\Code\Liver_vessel\pre_data\val，其中val文件夹下含有case3、case6、case8、case12、case13、case16文件夹及其内部文件，但是执行的3_graph_liver.py仅生成了F:\Code\Liver_vessel\pre_data\graph_val\case12即case12中的case12_patch001_12.gpickle至case12_patch035_12.gpickle文件，后面报错:
节点个数: 3024 边个数: 187
log_run_graph_liver.txt
运行及文件生成情况.zip

********** Time: 25.777490854263306 **********
F:\Code\Liver_vessel\pre_data\val\case13\case13_patch001_img.nii.gz
case13_patch001 start
F:\Code\LiverVesselWithGraph\3_graph_liver.py:83: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
temp = np.around(temp / count).astype(int) Traceback (most recent call last):
File "F:\Code\LiverVesselWithGraph\3_graph_liver.py", line 193, in
graph = graph_construct(img_paths[idx], seg_paths[idx], size=12, edge_dist_thresh=20,save_dir=save_dir)
File "F:\Code\LiverVesselWithGraph\3_graph_liver.py", line 103, in graph_construct
if speed[graph.nodes[n]['x'], graph.nodes[n]['y'], graph.nodes[n]['z']] == 0:
IndexError: index -2147483636 is out of bounds for axis 0 with size 160 会不会是代码根据原先的centerline_extract.py的肺部动静脉图像设置的，根据调试，没有理解for i, n in enumerate(node_list):
if speed[graph.nodes[n]['x'], graph.nodes[n]['y'], graph.nodes[n]['z']] == 0:
print('n', n)以及speed(160,160,96)，size=12的设置和x_quan的含义，很困惑怎样解决这个报错，因为根据后续train.py应该会需要产生的graph_val和graph_train文件。第二个疑虑就是，3_graph_liver.py中获取graph_train是否直接将graph_val的文件路径更改成划分后的train的路径即可。诚挚地希望您在百忙中帮忙看一下，不胜感激！

作者您好，看到您在血管中心线提取中实现了动脉静脉分离，但在3Dircadb数据集中部分病例没有动脉Atery数据集，这里应该怎样解决，非常期待您百忙之中的答复，受限于自身功底，在这一课题中探索很久，希望有机会进一步交流！
Dear author, I noticed that you have achieved arterial and venous separation in the extraction of vascular centerlines, but some cases in the 3Dircadb dataset do not have the arterial Atery dataset. How should we solve this problem? I am looking forward to your reply amidst your busy schedule. Due to my limited knowledge, I have been exploring this topic for a long time. I hope to have the opportunity to further exchange ideas!