这个文件的引用要Obsidian软件才能显示。 程序参考了用 C 语言画光（一）：基础 - 知乎 (zhihu.com)和Inigo Quilez :: computer graphics, mathematics, shaders, fractals, demoscene and more (iquilezles.org)
- 分析单粒子轨迹，输入单粒子轨迹文件
- 分为圆阵列，六边形孔喉结构两个模块，需要输入结构参数
- 功能待补充
- 分析多粒子轨迹表
- 分析粒子的分布，看是否稳定
- 分析速度分布
- 由路径库,赋予时间项，考虑吸附
- 吸附时间指数分布，内置get_T_ab函数赋予
- 得到均方位移-时间，扩散系数
- 记录了吸附时间-扩散系数的数据
- 记录了粒子数-扩散系数的数据，与REV有关。
- 输入六边形孔喉结构的路径文件
- 分析其热力学性质(数密度/压强)与空腔的差别
- 分析差别产生原因
- 分析蒙特卡洛模拟的计算误差
- 得到孔隙度
- 依赖内置函数per_walk得到每次碰撞的数据
- 时间项依赖内置get_T_ab函数
- 分析位置便于区分孔依赖scene_porethroat.m
- 通过times_one_particalpath得到单孔数据
- 通过内置get_th函数获得修正越孔速度方向
- 圆弧的SDF
- 依赖[[#circleSDF.m函数]]
- 输出出射速度大小，满足3D/2D玻尔兹曼分布/匀速
- 3D玻尔兹曼分布就是2D泄流分布
- 计算矩形的SDF
- 做了倒角，依赖[[#circleSDF.m函数]]
- 文件名批处理
- 储存开放空间内随机圆多孔介质的信息
- 圆心位置，半径
- cir_1,cir_4最后一行是孔隙度，xy范围是$-205--205$
- cir_2,cir_3是四圆
- 输入：点的位置，圆心位置，圆的半径
- 输出：点到圆的距离，在圆外为正
- 储存开放空间内随机矩形多孔介质的信息
- 中心点坐标x,y,半长,半宽,旋转角
- 最后一行是孔隙度，和xy范围a即$[-a,a]$
- 读取文件夹里所有xlsx文件(包括子文件夹)，将其改为txt文件
- xlsx格式读取写入效率很慢
- 使用readtable和writetable
- 根据孔隙度找REV
- 找到扩散系数有统计意义需要的粒子数
- 画出指数分布和玻尔兹曼分布以及他们的和
- 没啥用，但算法有意思，保留
- 单粒子运动，给定最大碰撞次数，给出初始位置与速度方向,形状参数,碰撞足够多次后停止
- 输入参数：(x0,gx0,N_pmax,filename,R,Tem),分别为粒子的初始位置，运动的初始方向,最大碰撞次数(判停条件)，输出文件名,形状参数,温度(速度参数)
- 输出参数:(filename,x,gx,s),表示文件名,末位置,末运动方向,末运动位置与原点的距离
- 每次碰撞时输出位置
- 注释参考onegas.m，不考虑时间
- 调用gradient.m找出边界法线
- 调用reflect.m输出每次反射的速度方向
- 调用scene.m输出与边界的最近距离
- 从在圆形阵列中单粒子轨迹得到有关参数构建随机游走模型
- 因为圆形阵列孔喉几何结构划分不明显，所以没办法由几何得到参数（评价为这种做法没啥用）
- 待改进
- 参考说明文档中最后的算法即可
- 得到并画出满足分形规律的圆阵列
- 调用内置函数get_fractal_cir_R得到圆半径
- 由多粒子的不同时刻的位置，得到扩散系数
- 计算不同方向的扩散系数
- 扩散系数与圆阵列R的关系
- 得到六边形孔喉模型的参数，孔喉的单步时间/概率；平均单步时间
- 输入：图片gca,已经画好的多孔介质图，固体用一种颜色填充，'color'为RGB
- 输出孔隙度
- 输入六边形孔喉结构的参数，返回孔隙度
- 根据孔喉双重结构随机游走模型的参数计算扩散系数
- 参数计算依赖[[#get_porethroat_para.m]]
- 输入边界点的位置，输出边界法线的单位向量
- 生成随机数,满足3D/2D玻尔兹曼分布,储存在相应excel文件中
- 需要更改Boltzmann.m文件更改分布
- 储存开放空间内多孔介质稳定后的数密度/粒子数信息
- 归一化：$r=500,\Delta T=1/2000$(大圆半径，射入频率)
- 具体信息见[[#plot_Box.m]]
- 功能与onegas.m类似，但是砍掉了记录轨迹的功能
- 输入位置与速度，以及时间间隔T0，粒子运动T0期间，每次在边界脱附的形成位置表，并输出结束时的位置与速度。考虑每次在边界的吸附，赋予停留时间。
- 调用gradient.m找出边界法线
- 调用reflect.m输出每次反射的速度方向
- 调用Boltzmann.m输出每次反射的速度大小
- 调用T_absorb.m输出每次碰撞的吸附时间
- 调用scene.m输出与边界的最近距离
- 描述N个粒子的运动，赋予速度，固定时间间隔记录粒子位置，速度
- 粒子并行计算
- 考虑周期性边界
- 调用Ngas.m对单粒子在某个时间间隔的轨迹进行计算
- 可以直接读取纪录粒子信息的表格文件，直接开始模拟
- 对于单个粒子，给出初始位置与速度方向,形状参数,得到初始时间T=0到sum_j$\times$N_T时间内，每次碰撞的位置表(时间,坐标x 坐标y 与边界的距离)，调用onegas.m函数
- 单粒子在非均匀圆阵列中路径，半径均匀分布
- 调用内置函数fun_partical_one_hete输出轨迹
- fun_partical_one_feijunyun函数
- 给定时间间隔，让粒子在非均匀随机生成半径的圆形阵列里运动，边运动边生成半径。
- 调用内置函数scene_hete，gradient_hete;
- 半径的生成调用内置函数get_ran_r.m
- 调用reflect.m
- 全局变量记录已经生成的半径
- 并行地得到一系列粒子的轨迹，只输出碰撞时的位置
- 需要给出每个粒子的形状参数，给出粒子数，最大碰撞次数
- 对于每一个粒子,调用fun_partical_one.m计算
- 模拟多粒子在2维直管的运动
- 考虑吸附时间占主导与运动时间为主的情况
- 可以进一步修改结合二者
- 直管"入口效应"与单孔长度的关系
- 从单孔碰撞次数/是否回到原方向两方面去看
- 配套[[#analyse_particals.m]]中关于开放空间内多孔介质内外粒子数+数密度的分析
- 将以下语句分别贴到命令行窗口，把数密度信息存入matlab.mat
- 画箱型图
- 给定圆心半径，画圆
- 能够选择是否填充以及颜色；
- 可选参数'flag',flag == 1表示填充
- 名称数值对：'var'为plot的可选参数；'fillvar'为填充颜色,'linewidth'为线宽
- 画出某次跨越边界的轨迹
- 需要补充，修改
- 画出正方体排列的孔喉阵列
- 输入：提供数组kTTT；flag=0为连续，flag=1为离散整数
- 若为连续，则区间取edges个;
- 输出图：连续的纵坐标为频率密度,离散整数时为频率
- 输出：plot(xxfit,yy)可以画出对应频率密度分布折线图
- 根据某个时刻多粒子的位置表(或者单粒子固定时间间隔的位置)，画出二维的概率密度图
- 画多孔介质：圆形阵列；六边形孔喉
- 调用plot_cir.m画圆
- 调用内置plot_onecir_in_six和plot_pore_cir两个函数
- plot_onecir_in_six函数画出六边形孔喉结构的单个圆及三个半喉
- 根据轨迹文件画出例子轨迹
- 内置get_T函数根据轨迹位置赋予时间,可以调整吸附时间
- 能够根据时间给轨迹附上颜色
- 其它一些多孔介质模型
- 根据多粒子位置，画粒子
- 画出不同时刻粒子位置以及多孔介质,画gif
- 画示意图——六边形孔喉随机游走模型
- 画长方形，可选是否填充，以及颜色；
- 输入：矩形中心点，半长半宽，旋转角
- 可选参数'flag',flag == 1表示填充
- 名称数值对：'var'为plot的可选参数；'fillvar'为填充颜色
- 根据函数$f(t)=x$,t为等距采样，为等差数列,画出频谱图，找周期
- 输入为$t,x$一一对应的采样点，输出为频谱图
- 函数内做了$x$的平均化$x=x-mean(x)$,所以消去了0处峰值
- 根据某时刻的粒子位置速度，画速度云图，可能会有归一化
- 画需要的多孔介质
- 模拟多粒子的1维随机游走，考虑吸附
- 画出粒子在每一步的吸附概率与扩散系数的关系
- 线性关系
- 通过随机游走模拟得到单元时间概率分布，单步时间可设为相同的或不同的
- 计算概率分布，得到单元停留时间/次数pdf
- 输入参数：当前在孔，某一步在原地的概率为Pp;当前在喉，某一步留在原地的概率为Pt;在孔内的单步时间为Tp,在喉内的单步时间为Tt
- 输入射入速度方向与法线方向，输出出射方向
- 输入位置与结构参数，输出点到边界的最短距离
- 返回点到边界的最短距离
- 圆形阵列，R=(Rx,Ry)为xy方向的圆心间距/直径，调用circleSDF.m
- 孔喉六边形结构，R(1)为喉道长度/直径；R(2)为喉道宽度/直径，找出点所在的基本单位（两圆+与其相连的喉道），并调用twocircleSDF.m算距离
- 周期性空腔圆阵列交错整个周期性边界大致为九宫格：存在两种相同的矩形区块，分别有不同的形态，任意一种的上下左右都是另一种，一个区块是圆阵列为numx$\times$numy,另一个区块是空白;$R = [numx,numy]$
- 周期性边界,为九宫格：存在两种边长相等正方形区块，分别有不同的形态，任意一种的上下左右都是另一种；为了对称性，先暂定两种区块都是均质圆阵列且xy方向性质一样；多孔介质参数$R=[右边的圆半径 右边的圆半径+喉道宽度一半 右边的一排/列圆数量 左边的圆半径 左边的圆半径+喉道宽度一半 左边的一排/列圆数量]$
- 周期性边界，为九宫格：存在两种边长相等正方形区块，分别有不同的形态，任意一种的上下左右都是另一种，且之间存在空余；为了对称性，先暂定两种区块都是均质圆阵列且xy方向性质一样。多孔介质参数$R=[右边的圆半径 右边的圆半径+喉道宽度一半 右边的一排/列圆数量 左边的圆半径 左边的圆半径+喉道宽度一半 左边的一排/列圆数量 空出的长度]$
- bulk-porous media体系,bulk为一个圆，粒子以某个频率向中间发射，中间是多孔介质的体系，也算作方形圆阵列。$R = [r,Rp,nump]$,r为bulk圆半径,圆心在原点,Rp为阵列的孔喉比,nump为圆阵列每行个数，圆的半径为1
- 圆形空腔,R表示半径
- 输入点的位置x；R为喉道长度/直径；a为喉道宽度/直径
- 输出sd，sd(1):返回点到六边形孔喉结构边界的最短距离,sd(2),sd(3)为点最靠近的圆心的阵列编号(x,y方向);sd(4)表示其是否为孔，是为1，否为0
- 计算线段AB的SDF
- 求解1D的扩散偏微分方程
- 产生吸附时间随机数，满足指数分布/相同时间
- 计算三角形的SDF
- 依赖[[#segmentSDF.m函数]]
- 输入：点的位置，其所在基本单元：两个圆+与其相连的喉道，两个圆的圆心，喉道的长度/宽度
- 输出：sd:返回点到结构单元结构边界的最短距离,kx,ky为点最靠近的圆心的阵列编号(x,y方向);ispore表示其是否为孔，是为1，否为0
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