• Sect. 17.1: "Que soit" --> "Que ce soit"

• Sect. 17.2: " pour: - des raison éthiques,..." --> "pour des raisons: -éthiques,..." et déplier la liste

• Sect. 17.3: c'est un peu le b...l. Créer une liste et virer la toc des vdéos...

Rscript -e "rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::gitbook', encoding = 'UTF-8')"

processing file: booksprintrr.Rmd
|.................................................................| 100%
inline R code fragments

output file: booksprintrr.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS booksprintrr.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output booksprintrr.html --smart --email-obfuscation none --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template /home/pernot/R/library/3.2/bookdown/templates/gitbook.html --highlight-style pygments --number-sections --css css/style.css --include-in-header /tmp/RtmpySOsiG/rmarkdown-str418f1ed4ad48.html --mathjax --filter pandoc-citeproc
pandoc: Filter pandoc-citeproc not found
Erreur : pandoc document conversion failed with error 85
Exécution arrêtée
Error in render_book_script(output_format, envir, quiet) :
Error 1 attempting to render book
Calls: -> -> in_dir -> render_book_script
Exécution arrêtée
Makefile:21 : la recette pour la cible « html » a échouée
make: *** [html] Erreur 1

pb de données biblios répercutées dans de mvs champs lors de l'export en .bib
ex Jenny Bryan "How to name files" : infos sur le talk toutes intégrées dans le champ "abstract" qui n'apparaît pas en biblio finale
ai vérifié toutes les refs du fichier .refs.bib : a priori ok avec l'export en bibtex au lieu de betterbibtex
@Unpublished{bryanHowNameFiles2015,
venue = {{Duke}},
title = {How to Name Files},
url = {https://speakerdeck.com/jennybc/how-to-name-files},
abstract = {Low-tech common sense about filenames. Prepared under the auspices of the Reproducible Science Curriculum (https://github.com/Reproducible-Science-Curriculum). Slides made for a workshop at Duke in May 2015.},
eventtitle = {Reproducible {{Research Workshop}}},
urldate = {2019-04-30},
date = {2015-05-14},
author = {Bryan, Jenny},
file = {C:\Users\sgranger\Zotero\storage\U6SFR7JQ\how-to-name-files.html}

Pour chaque solution, que pensez-vous d'un diagramme affichant les différents outils selon un niveau croissant de technicité pour aider le lecteur à se situer selon ses moyens ?
!! Peut être un peu lourd et/ou rébarbatif...
!! Peut-être que la hierarchie est subjective et dépend de là ou on part ? -> confronter les points de vue de Loïc & Arnaud (nos 2 extrêmes ?)

Manque-t-il l'aspect collab ?

plutôt que renvoyer vers la page de Rstudio sur Rmarkdown : Lalanne, Christophe, and Bruno Falissard. n.d. ‘Le Langage R Markdown’. Accessed 30 April 2019. https://www.fun-mooc.fr/c4x/UPSUD/42001S02/asset/RMarkdown.html.

clé correcte [@baker500ScientistsLift2016]
ref présente dans le fichier .refs (adéquation avec la clé utilisée)
mais n'apparaît pas dans le pdf du 03/05/2019 :ni dans le corps de texte chap 01), ni dans la biblio finale

• Sect. 1.2: 'Par exemple, ne serait-ce parce que' très lourd. Je remplacerais par 'De fait,'

• Sect. 1.2: " il s'agit" --> 'il s'agira"

• Sect. 1.2: "résultat bit pour bit" --> "résultat numérique bit pour bit"

• Sect. 1.2: Introduire un nouveau paragraphe au niveau de "L'expression"

• Sect. 1.2: "incluant, mais n'étant pas limitées" --> "incluant, sans y être limitées"

• Sect. 1.5: "La possibilité" --> "L'impossibilité"

• Sect. 1.5: "patient zéro" ??? expliquer...

• Sect. 1.5: nouveau paragraphe à "Au travers"

• Sect. 1.6: "La minute théologie négative" ??? expliquer...

• Sect. 1.6: "Randall et Wesler" --> ajouter citation

• Sect. 1.6: "sur-interptéter le résultat" --> "sur-interpréter un résultat"

• Sect. 1.6: "cités supra" --> supprimer

• Sect. 1.6: "se documenter" --> "se référer à la litérature"

• Sect. 18.1: Mettre la definition du book sprint en footnote ?

• Sect. 18.2: "forme trandirionnelle du book sprint": donner une réf ?

• Sect. 18.2: "FlossManuals": donner un lien

• Sect. 18.3, last list: "droit de paternité" ou "droit de propriété" ??? + new item avant "le livrable" ?

• Sect. 18.3, last sentence. ". la" --> ". La" + manque le point final.

Plusieurs formes pour se référer à un chapitre...

Parle-t-on du partage des données ? Dans quel chapitre ?

par. 2 : "plus tard" devrait être "plus "tôt"

Sect. 7.3: ajouter ref en fin de 1er par. (autocitation honteuse..., mais pertinente)
@Article{Hebrard2009,
Title = {How measurements of rate coefficients at low temperature increase the predictivity of photochemical models of {Titan}'s atmosphere},
Author = {H'ebrard, E and Pernot, P and Dobrijevic, M and Carrasco, N and Bergeat, A and Hickson, K M and Canosa, A and Picard, S D Le and Sims, I R},
Journal = {J. Phys. Chem. A},
Year = {2009},
Pages = {11227--11237},
Volume = {113},
Doi = {10.1021/jp905524e},
}

• Sect. 7.4: ajouter une virgule après (Chapitre 11)

• Sect. 11.2: ajouter après la 1ere phrase: "Il existe alors plusieurs façons de les mettre à disposition."

• Sect. 11.2.3: supprimer "ainsi"

• Sect. 11.2.3, item 2: "les exemples" --> "cf. les exemples"

• Sect. 11.2.3, item 3: "contrôlé" --> "contrôlée"

• Sect. 11.2.3, item 3: "et ce" --> ", et ce,"

• Sect. 11.2.3, item 3: "il n'est donc pas" --> "il n'est pas"

@rougier : il manque au moins la clé du chap 6 dans le readme

Sources de non reproductibilité
05_acquisition_des_donnees.md -> {#B-data-acquisition}
Acquisition de l'information
07_donnees_d_entree.md -> {#B-data-input}
Gestion des données
08_aspects_computationnels.md -> {#B-code-aspect}
Programmation et calcul
09_donnees_de_sortie.md -> {#B-data-output}
Communication des résultats

There seems to be a problem with a mandatory? font: Alegreya-Regular
or the need to have superuser privileges to run tlmgr

ln -sf index.md index.Rmd
ln -sf 09_collecte_des_donnees.md 09_collecte_des_donnees.Rmd
ln -sf 22_quatrieme_de_couv.md 22_quatrieme_de_couv.Rmd
ln -sf 10_format_des_donnees.md 10_format_des_donnees.Rmd
ln -sf 19_annexes.md 19_annexes.Rmd
ln -sf 13_apprendre_a_programmer.md 13_apprendre_a_programmer.Rmd
ln -sf 18_biblio.md 18_biblio.Rmd
ln -sf 11_partage_et_archivage.md 11_partage_et_archivage.Rmd
ln -sf 21_auteurs.md 21_auteurs.Rmd
ln -sf 04_acquisition_des_donnees.md 04_acquisition_des_donnees.Rmd
ln -sf 12_outils_de_gestion_de_version.md 12_outils_de_gestion_de_version.Rmd
ln -sf 02_vis_ma_vie.md 02_vis_ma_vie.Rmd
ln -sf 15_eviter_les_bugs.md 15_eviter_les_bugs.Rmd
ln -sf 06_aspects_computationnels.md 06_aspects_computationnels.Rmd
ln -sf 17_licence_et_privacy.md 17_licence_et_privacy.Rmd
ln -sf 01_RR_kezako.md 01_RR_kezako.Rmd
ln -sf 08_introduction_partie_3.md 08_introduction_partie_3.Rmd
ln -sf 16_environnement_logiciel.md 16_environnement_logiciel.Rmd
ln -sf 05_donnees_d_entree.md 05_donnees_d_entree.Rmd
ln -sf 07_donnees_de_sortie.md 07_donnees_de_sortie.Rmd
ln -sf 03_questions_cauchemars_recurrents.md 03_questions_cauchemars_recurrents.Rmd
ln -sf 14_rendre_son_code_comprehensible.md 14_rendre_son_code_comprehensible.Rmd
ln -sf 00_preambule.md 00_preambule.Rmd

switch PATH to call latex/xelatex instead of plain xelatex

so that we can fix the tex file (see the next target)

env SAVEDPATH="$PATH" PATH="latex:$PATH"
Rscript -e "rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')"

processing file: booksprintrr.Rmd
|.................................................................| 100%
inline R code fragments

output file: booksprintrr.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS booksprintrr.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output booksprintrr.tex --table-of-contents --toc-depth 2 --template /home/pernot/R/library/3.2/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --number-sections --highlight-style tango --latex-engine xelatex --natbib --include-in-header latex/preamble.tex --include-before-body latex/before_body.tex --include-after-body latex/after_body.tex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' --variable 'compact-title:yes' --variable tables=yes --standalone
tlmgr search --file --global '/Alegreya-Regular.'
Cannot determine type of tlpdb from /home/pernot/texmf!
cannot setup TLPDB in /home/pernot/texmf at /usr/bin/tlmgr line 5713.
! fontspec error: "font-not-found"
!
! The font "Alegreya-Regular" cannot be found.
!
! See the fontspec documentation for further information.
!
! For immediate help type H .
!...............................................

!
! The font "Alegreya-Regular" cannot be found.
!
! See the fontspec documentation for further information.
!
! For immediate help type H .
!...............................................

! The font "Alegreya-Regular" cannot be found.
!
! See the fontspec documentation for further information.
!
! For immediate help type H .
!...............................................

!
! See the fontspec documentation for further information.
!
! For immediate help type H .
!...............................................

! See the fontspec documentation for further information.
!
! For immediate help type H .
!...............................................

!
! For immediate help type H .
!...............................................

! For immediate help type H .
!...............................................

Erreur : Failed to compile booksprintrr.tex. See https://yihui.name/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See booksprintrr.log for more info.
De plus : Warning messages:
1: l'exécution de la commande ''tlmgr' search --file --global '/Alegreya-Regular.'' renvoie un statut 2
2: In parse_packages(logfile, quiet = c(TRUE, FALSE, FALSE)) :
Failed to find a package that contains Alegreya-Regular.
Exécution arrêtée
Error in render_book_script(output_format, envir, quiet) :
Error 1 attempting to render book
Calls: -> -> in_dir -> render_book_script
Exécution arrêtée
Makefile:28 : la recette pour la cible « pdf » a échouée
make: *** [pdf] Erreur 1

en plus du lien vers le site déjà prévu ; ref
Wurmus, Ricardo, Bora Uyar, Brendan Osberg, Vedran Franke, Alexander Gosdschan, Katarzyna Wreczycka, Jonathan Ronen, and Altuna Akalin. 2018. ‘Reproducible Genomics Analysis Pipelines with GNU Guix’. BioRxiv, April, 298653. https://doi.org/10.1101/298653.

L'introduction à ce livre répète une erreur fréquente : elle suppose que "reproductibilité" veut dire "reproductibilité computationnelle" pour tout le monde. Et pourtant il y a une brève référence à la "crise de la reproductibilité" qui est due à plusieurs facteurs, dont la reproductibilité expérimentale et la reproductibilité statistique.

Proposition :

1. Caser le mot "computationnel" (où "calcul") quelque part dans la préambule.
2. Commencer le chapitre 1 par le context générale de la reproductibilité (dans toutes ses formes)
3. Dire clairement dans 1.2 que ce livre traite uniquement des aspects informatiques.

• Sect. 6.1: "le 'licence d'exploitation' bingo" : mélange contenu french et anglaise forme. Reformuler...

• Sect. 6.1, item 4: "souhaiter partager ce code" --> "souhaiter le partager"

• Sect. 6.1, last line: "incapacité à mettre à donner" --> "incapacité à donner"

• Sect 6.2: "Allô Houston" --> "Allô Houston ?"

• Sect 6.3, item 2: "Obfuscted C" --> "Obfuscated C" + donner ref. (http://ioccc.org/)

• Sect. 6.5: "voici ce qu'on obtient:" --> "voici le graphe qu'on obtient, cf. Fig. 6.1"

• Fig. 6.1: "Matplotlibs" --> "matplotlib" + en police courrier

• Fig. 6.1: "debtree" en police courrier

• Fig. 6.6, last par.: ajouter 2 références après "cauchemars":
  @Article{Feher2012,
  Title = {Numerical Errors in Minimization Based Binding Energy Calculations.},
  Author = {Feher, Miklos and Williams, Christopher I.},
  Journal = {J. Chem. Inf. Model.},
  Year = {2012},
  Volume = {52},
  Pages = {3200–3212},
  Doi = {10.1021/ci300298d}
  }
  @Article{Feher2012a,
  Title = {Numerical errors and chaotic behavior in docking simulations.},
  Author = {Feher, Miklos and Williams, Christopher I.},
  Journal = {J Chem Inf Model},
  Year = {2012},
  Number = {3},
  Pages = {724--738},
  Volume = {52},
  Doi = {10.1021/ci200598m},
  }

la ref au site wikihow me gêne ; ce site fait tâche en termes de qualité #CryptoBibIsHere
je propose de la remplacer par Brown, Neil C. C., and Greg Wilson. 2018. ‘Ten Quick Tips for Teaching Programming’. PLOS Computational Biology 14 (4): e1006023. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006023.

c'est le tip 5 qui renvoie vers d'autres refs sur le sujet

• Sect. 9.3: Nouveau par. avant "Le tableur"

• Sect. 9.5: problème de formulation des liens à cliquer pour la version imprimée.
  "aller sur le site du CNRS ici" --> "consulter le sire du CNRS"
  "vous pouvez cliquer ici" --> " vous pouvez consulter le document ..."

Sect. 5.1, fin du 2eme par.: "besoin de ces données manquantes" --> "besoin, à une étape ultérieure, de ces données."

Sect. 5.4, 2eme par.: "stocker" --> "stocker ou transmettre"

• intro, 1st sentence: renvoi Chapitre 8

• intro, 1st sentence: "de diffusion, de partage de ses" --> "de diffusion et de partage des"

• Sect. 14.2, l.1: "écrivant" --> "tapant" ou "saisissant"

• Sect. 14.3 : p. repli des commentaires du code

• Sect. 14.4, last line: "retrouver" --> "retrouver simultanément"

• Sect. 14.5, 3eme liste, item 2: introduire un nouvel item à "Enfin"

• pb. repliement URL en footnote 7

appli willo
Université de Lille. n.d. ‘WillO. Droits et obligations des chercheurs de diffuser leurs publications en libre accès’. Willo. Accessed 30 April 2019. https://decadoc.typeform.com/to/W2ZZMV.

aide à la mise en oeuvre de l'art 30 de la loi Lemaire

• Sect. 16.1: répétition de "son environnement"

• Sect. 16.1, item 1: pb parenthèses après "sessionInfo()"

• Sect. 16.1, item 1: standardiser la citation chapitre 15

• Sect. 16.1, par.2: "façon" --> "cas", 2 fois

• Sect. 16.2.1: "une bonne foi pour toute" --> "une bonne fois pour toutes".

• Sect. 16.2.2: la liste suit une phrase terminée. Reformuler.

• Sect. 16.4: "séminaire" --> "séminaire en ligne"

20190430_Biblio_booksprint.pdf

chicago manual of style 17 th ed. full note

• par. 3: "devraient tous trouver" --> "devraient trouver"

• "Qui sont nos auteurs" --> "Qui sont-ils ?"

• Loïc

  • "Ecole nationale vétérinaire" --> "Ecole Nationale Vétérinaire"
  • new paragraph avant "Il travaille" ?
  • "article" --> "articles"

• Boris

  • new paragraph avant "Il travaille" ?

• Arnaud

  • "l'axe optimisation" : késako ?

• Pascal

  • pour uniformiser: "Physico-chimiste et directeur de recherches au CNRS, Pascal Pernot travaille au Laboratoire de Chimie Physique à l'Université Paris-Sud.

• Nicolas

  • pour uniformiser: "Chercheur à Inria, Nicaloas Rougier est membre..."

• Sabrina

  • c'est le souk: "Conservateur des biblios,..., S. Granger est conservateur des biblios."

@alegrand
qui propose s'expose ...
stp, penses-tu qu'il serait possible d'automatiser ceci pour les refs biblios?

• au-delà du 10ème auteur, introduire la mention et al. en italique (ex de l'article "Justify your alpha" avec sa liste super longue idem pour la ref "The FAIR guiding principes .."
• pour les pages et sites web (je repds la typologie de Zotero), billets de blog --> mentionner entre crochets la date de consultation soit au format jj/mm/aaaa ou aaaa/mm/jj selon ce qui te semble le plus adapté à tous publics
• ne faire figurer que l'initiale du prénom des auteurs? pour qqs refs, je n'arrive pas à trouver le prénom des auteurs aussi strange que ça paraisse ; après, ça concerne 3 refs sur toute la biblio ; si ça choque personne, on peut laisser en l'état
  sinon pour le style, je n'ai pas de préférence, pour ma part, nihil obstat avec celui-ci

vue https://alegrand.github.io/bookrr/C-licences.html
un crochet fermant en trop après l'acronyme développé apparaît alors que le texte smble correctement formaté ??
"Un certain nombre de textes officiels et de documents sont disponibles sur le site de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL)] (CNIL 2019)."

http://beginr.u-bordeaux.fr/ @ppernot

chap 9, "pour en savoir plus"
un nom d'auteur svp?
Le document avec l'identifiant hal-02103716 n'existe pas.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02103716

• intro: la 1ere liste pourrait être repliée sur 1 ligne.

• intro: la 2eme liste devrait être "dépliée"

• Sect. 12.1: "il doit se limiter à dépasser" --> " il ne doit pas dépasser"

• même phrase: fermer la parenthèse après "comprise".

• Sect. 12.2, fin du 3eme par.: "pérenne." --> "pérenne (doi)."

• Sect. 12.2, fin Exemple: "en attendant leur retour" --> "durant ce temps"

• Sect. 12.2: reporter le paragraphe "Poue en savoir...réelle" au début de la Section 12.3

les refs biblios dont le texte n'est pas en accès libre sont très minoritaires dans la biblio ; ce serait dommage de supprimer ces infos

quand c'étt possible, j'ai mis un lien vers un équivalent (Pascal avait par ex indiqué le rapport technique de Collberg) en plus de la réf
j'ai complété les refs pour certains chapitres

proposition : (à mettre en entête de la biblio finale?)
inviter les lecteurs qui voudraient accéder aux full texts à se rapprocher de leur bibliothèque ; leurs structures sont peut-être abonnées ; il y a la poss de faire une demande de prêt entre bibliothèques (service devenu gratuit dans certaines universités), etc.

on peut aussi signaler ces sites pour la recherche de la version en libre accès d’un article

oaDOI https://oadoi.org/
Unpaywall http://unpaywall.org/
Scilit https://www.scilit.net/  moissonnage quotidien de CrossRef et PubMed et repérage des articles librement accessibles, basé sur les informations de licence au niveau de l’article, grâce à Unpaywall et au réservoir CORE. Outil développé et maintenu par l’éditeur MDPI. Chiffres donnés le 25 mai 2018 : 20 millions d’articles en libre accès sur 110 millions d’article signalés. 

en plus du lien vers le site déjà prévu, ajouter ceci
Chirigati, Fernando, Rémi Rampin, Dennis Shasha, and Juliana Freire. 2016. ‘ReproZip: Computational Reproducibility with Ease’. In SIGMOD 2016 - Proceedings of the 2016 International Conference on Management of Data, 2085–88. Association for Computing Machinery. https://doi.org/10.1145/2882903.2899401.

• Sect. 13.1: changement de par. avent "Ce type"

• Sect. 13.1, par. 2: " Ce type d'interface...aussi" --> "On le trouve aussi dans de nombreux logiciels scientifiques"

• Sect. 13.1, par. 3, fin: "tenez à jour un cahier de laboratoire" --> "tenez scrupuleusement à jour votre cahier de laboratoire"

• Sect. 13.2, 1st sentence: "faire." --> "faire faire à au logiciel."

• Sect. 13.2: pb. repliement des commentaires du code. Déclarer une largeur plus petite dans les options de R ???

• Sect. 13.2, liste: "il effectue les traitements" --> "il effectue les traitements de manière reproductible"

gitHub, readme :

Attribution — Vous devez créditer l'Œuvre, intégrer un lien vers la licence et indiquer si des modifications ont été effectuées à l'Oeuvre. Vous devez indiquer ces informations par tous les moyens raisonnables, sans toutefois suggérer que l'Offrant vous soutient ou soutient la façon dont vous avez utilisé son Oeuvre.

Pas d’Utilisation Commerciale — Vous n'êtes pas autorisé à faire un usage commercial de cette Oeuvre, tout ou partie du matériel la composant.

Partage dans les Mêmes Conditions — Dans le cas où vous effectuez un remix, que vous transformez, ou créez à partir du matériel composant l'Oeuvre originale, vous devez diffuser l'Oeuvre modifiée dans les même conditions, c'est à dire avec la même licence avec laquelle l'Oeuvre originale a été diffusée.

Version HTML :

Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Partage dans les Mêmes Conditions 3.0 France.
Version pour le format imprimé :
Cette œuvre est mise à disposition sous licence Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Partage dans les Mêmes Conditions 3.0 France. Pour voir une copie de cette licence, visitez http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/fr/ ou écrivez à Creative Commons, PO Box 1866, Mountain View, CA 94042, USA.

• Sect. 8.1: ajouter ref après "délicat".
  @Article {Barba142,
  author = {Barba, Lorena A.},
  title = {The hard road to reproducibility},
  volume = {354},
  number = {6308},
  pages = {142--142},
  year = {2016},
  doi = {10.1126/science.354.6308.142},
  publisher = {American Association for the Advancement of Science},
  issn = {0036-8075},
  URL = {https://science.sciencemag.org/content/354/6308/142},
  eprint = {https://science.sciencemag.org/content/354/6308/142.full.pdf},
  journal = {Science}
  }

• Sect 8.1: new paragraph après "vide)."

• Sect. 8.1: mauvais formatage de la liste

• Sect 8.1: "cherry picking proof" --> "cherry-picking-proof" + donner une ref.

@alegrand
clé correcte : [marwickPackagingDataAnalytical2018]
adéquation avec fichier .refs
mais dans le pdf apparaît [marwickPackagingDataAnalytical2018] et non pas [chiffre]

• Par. 1: "fictifs" 2 fois de suite. Peut-être "fictionnels" pour le 2ème ?

• Sect. 2.3: "C'est assez un travail" --> "C'est un travail"

La fin du par.2 de cette section n'est pas claire. On ne dit pas ce qu'il faut faire.

Ajouter : ": les valeurs et les incertitudes devraient être présentées dans des colonnes séparées."

(pb différent du pb d'affichage de la ref)

• contenu à corriger dir dans l'image svp

Marwick, Ben, Carl Boettiger, et Lincoln Mullen. « Packaging Data Analytical Work Reproducibly Using R (and Friends) ». The American Statistician 72, nᵒ 1 (2 janvier 2018): 80‑88. https://doi.org/10.1080/00031305.2017.1375986.

data/my_data.csv : données primaires non modifiées
--> svp mettre au féminin pluriel car actuellement au masculin pluriel ; merci !

@alegrand dans le pdf, le schéma des dépendances matplotlib n'apparaît plus à la suite de ce texte "Lorsque l'on récupère l'ensemble des paquets nécessaires avec leurs dépendances, voici le graphe qu'on obtient, cf. Fig 6.1 (alerte paracétamol!). "
peut gêner la lecture

Sect. 4.3: "en utilisant...autre)." --> "en utilisant leur définition métrologique."

Sect. 4.4, last item: "effacer" --> "effacer ou affecter"

l. 1: "reproduire ses" --> "reproduire des"
items : ajouter des ";" en fin d'item
item 2: "et oui" --> "hé oui" ou "he oui"

Sect. 3.5, l.1: "lien la détection" --> "lien entre la détection"

Wickham, Hadley, and Garrett Grolemund. 2018. R pour les data sciences: importer, classer, transformer, visualiser et modéliser les données. Translated by Raphaël Payen. Paris, France: Eyrolles.

@alegrand pour certaines mentions ex. p 79 (14.4 documenter son code) le cf. apparaît en italique sur l'interface Github mais pas dans la sortie pdf (p. 79) du fichier ?? que faire
20190503_booksprintrr2.pdf

• Sect. 10.1, par. 1: "sur laquelle ils" --> "qu'ils"

• Sect. 10.1, par. 3: "les aleas de la vie" ???

• Sect. 10.1, par. 4: "de la relation" --> "du lien"

• Sect. 10.1, par. 4: "données" --> "données archivées"

• Sect. 10.2: ponctuation de la liste

• Sect. 10.2: "et tenter de s'assurer" --> "et s'assurer"

• Sect. 10.2, liste 2, item 2: "les formats illisibles" --> "les formats codés, illisibles" + virgule après "pdf)"

• Sect. 10.2, liste 2, item 3: "tables" --> "tableaux"

• Sect. 10.2, avant der. par.: "Dans un tel cas" --> "Dans ce cas"

• Sect. 10.3.1: préciser "arbitraire" (Boris ?)

• Sect. 10.3.2: Au début du 2eme par, ajouter: "L'incertitude peut servir de guide pour choisir le nombre de chiffres significatifs".

• Sect. 10.3.2: "On évitera" --> "En outre, on évitera"

• Sect. 10.3.2: pb de polices pour les nombres. Supprimet le code latex pour les 2 derniers.

mentions supprimées dans le corps de texte sauf dans Readme pour mémoire : insertion ref biblio après dépôt dans HAL à faire (SG)
recherche des occurrences via le moteur de recherche et en mode manuel ; normalement ok