When human, mouse, zebrafish, roundworm (C. elegans), yeast (S. cerevisiae), and bacteria (salmonella and M. tuberculosis) show up together in one zoo, a manager is suggested.
- Download genome sequence (.fasta). It downloads the
primary_assembly
version, if not available,toplevel
version is downloaded. - Download annotation (both .gff3 and .gtf).
- Build aligner index.
- Maintain references in a folder structure which is making sense.
git clone [email protected]:Puriney/MrY.git
cd MrY
pip install ./
There are 3 common operations:
- install
- list
- delete
yun install --root-dir /path/to/your/zoo \
--species zebrafish \
--assembly GRCz10 \
--org Ensembl \
--release 90 \
--target all
MrY
will generate a folder named zebrafish under /path/to/your/zoo
to create references for zebrafish of which the assembly name is GRCz10 in
release 90 of Ensembl.
zebrafish/
โโโ aligner_index
โย ย โโโ bowtie2
โย ย โย ย โโโ Ensembl
โย ย โย ย โโโ GRCz10
โย ย โย ย โโโ release_90
โย ย โย ย โโโ GRCz10.dna.1.bt2
โย ย โย ย โโโ GRCz10.dna.2.bt2
โย ย โย ย โโโ GRCz10.dna.3.bt2
โย ย โย ย โโโ GRCz10.dna.4.bt2
โย ย โย ย โโโ GRCz10.dna.rev.1.bt2
โย ย โย ย โโโ GRCz10.dna.rev.2.bt2
โย ย โโโ star
โย ย โโโ Ensembl
โย ย โโโ GRCz10
โย ย โโโ release_90
โย ย โโโ chrLength.txt
โย ย โโโ chrNameLength.txt
โย ย โโโ chrName.txt
โย ย โโโ chrStart.txt
โย ย โโโ exonGeTrInfo.tab
โย ย โโโ exonInfo.tab
โย ย โโโ geneInfo.tab
โย ย โโโ Genome
โย ย โโโ genomeParameters.txt
โย ย โโโ Log.out
โย ย โโโ SA
โย ย โโโ SAindex
โย ย โโโ sjdbInfo.txt
โย ย โโโ sjdbList.fromGTF.out.tab
โย ย โโโ sjdbList.out.tab
โย ย โโโ transcriptInfo.tab
โโโ annotation
โย ย โโโ Ensembl
โย ย โโโ GRCz10
โย ย โโโ release_90
โย ย โโโ ensembl.GRCz10.90.gff3
โย ย โโโ ensembl.GRCz10.90.gff3.gz
โย ย โโโ ensembl.GRCz10.90.gtf
โย ย โโโ ensembl.GRCz10.90.gtf.gz
โโโ genome
โโโ Ensembl
โโโ GRCz10
โโโ release_90
โโโ Danio_rerio.GRCz10.dna.toplevel.fa.gz
โโโ GRCz10.dna.fa
โโโ GRCz10.dna.fa.gz -> /path/to/your/zoo/zebrafish/genome/Ensembl/GRCz10/release_90/Danio_rerio.GRCz10.dna.toplevel.fa.gz
Alternatively, more than one species can be installed in the same time:
yun install --root-dir /ifs/data/yanailab/ref \
--species zebrafish roundworm brewer_yeast \
--assembly GRCz10 WBcel235 R64-1-1 \
--release 90 90 90 \
--org Ensembl \
--target all
List available references for specific zibrafish:
yun list --root-dir /path/to/your/zoo \
--species zebrafish \
--assembly GRCz10 \
--org Ensembl \
--release 90
==========
zebrafish-GRCz10-Ensembl-90 was queried:
Genome (.fa): Installed
Annotation (.gtf): Installed
Annotation (.gff3): Installed
Bowtie2: Installed
STAR: Installed
Alternatively, list all available references and a markdown table will be generated.
yun list --root-dir /path/to/your/zoo
Species | Assembly | Org | Release | Genome (.fa) | Annotation (.gtf) | Annotation (.gff3) | Bowtie2 | STAR |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
zebrafish | GRCz10 | Ensembl | 90 | True | True | True | True | True |
roundworm | WBcel235 | Ensembl | 90 | True | True | True | False | False |
mouse | GRCm38 | GENCODE | M15 | True | True | True | True | True |
mouse | GRCm38 | Ensembl | 90 | True | True | True | True | True |
human | GRCh38 | GENCODE | 27 | True | True | True | True | True |
human | GRCh38 | GENCODE | 23 | False | True | True | False | False |
human | GRCh38 | Ensembl | 90 | True | True | True | True | True |
brewer_yeast | R64-1-1 | Ensembl | 90 | True | True | True | True | True |
Check which GTF and GFF3 files are to be deleted before actually removing them.
yun delete --root-dir /path/to/your/zoo \
--species zebrafish \
--assembly GRCz10 \
--org Ensembl \
--release 90 \
--target task_annotation \
-n
Run above command without -n
and actually remove them. Change
task_annotation to all to delete all references of specific zebrafish.