philsf-biostat / analise_dados_acd_2017 Goto Github PK

A tabela que mostra as médias calculadas por idade não indica o N disponível para cada idade. Incluir uma coluna com essa informação.

Proporções com IC 95% contra p= 50%

Padronizar os gráficos dos modelos lineares da cinética

Avaliar a cinética, para cada sujeito, de decaimento dos títulos

• o estimador de Kaplan-Meier
• ajuste de modelo não-linear ?

Avaliação global

Gerar tabelas de contingência para associar as performances de:

PRNT 90 de ZIKA x PRNT 50 DEN

• DEN 1
• DEN 4

Isso deve ser feito para

• 2015
• 2016
• Ambos (sem 2017)

Observar os casos discordantes (Pos x Neg e Neg x Pos)

Restruturar a metodologia em um único parágrafo, seguindo a ordem:

1. Tratamento dos dados
2. Associação soro materno x sangue de cordão
3. Taxa de transferência
4. Cinética de dengue / Inferência de ZIKa
5. Declaração de softwares utilizados e suas versões

Declarar numericamente as médias mensais que entraram no gráfico

Criar barplots para os 4 sorotipos de Dengue com a cinética:

• DEN1
• DEN2
• DEN3
• DEN4

Identificar as amostras em que o título de Zika (PRNT90) > 3*titulo de Dengue (PRNT50).

• Comparar com os sorotipos DENV1 e DENV4
• Não incluir os dados de 2017 (somente 2015 e 2016).

Gerar uma tabela com as TTs dos 4 sorotipos.

• completar todas as dependências para que cada script de análise rode de maneira autônoma.
• reorganizar os scripts de análises, separando o input dos cálculos

Adaptar este método para incluir os parâmetros.

Requer pacote ggpmisc

É necessário converter a tabela wide para uma tabela long para usar as ferramentas de séries temporais.

Convém, antes tarde do que nunca, criar um README com os links para o relatório e os principais resultados brutos

Estabelecer a cinética via:

1. ANOVA / Kruskal wallis
2. pairwise t-test / wilcoxon
3. gráfico: boxplot / dotplot

Estimar o tempo em que o modelo cruza

• titulo 50
• titulo 10

Para os 4 sorotipos

O modelo correto para comparar o Soro Materno com o Sangue de Cordão é o modelo com erros em ambas as variáveis.

Substituir a figura por uma com o modelo apropriado.

Estabelecer o resultado da inferência da proporção de infectados com Zika, de acordo com a metodologia anotada na issue #5

• Valores <10 devem ser substituídos por 5
• Valores >1250 devem ser substituídos por 2500
• Eixos devem se estender de 1 até 3500

Repensar se o melhor caminho para estes dados é:

• correlação de Pearson nos log-dados
• correlação de Spearman nos dados não transformados
• outro método apropriado para dados censurados

E descrever na metodologia.