Beginner guide for dummies? about microscopy-tools HOT 5 CLOSED

Ich bin dabei, ein paar Wikiseiten mit Erklärungen und Beispielen zu schreiben: https://github.com/mviereck/microscopy-tools/wiki

Vielleicht hast Du ja Interesse, noch mal ein wenig auzuprobieren.

Prinzipiell sollte das auch unter Windows in WSL laufen können.

from microscopy-tools.

Hallo,

danke, daß Du imfuse ausprobieren willst!
Ein "beginners guide" ist hier: https://github.com/mviereck/microscopy-tools/wiki/imfuse:-Workflow-to-find-good-parameter-sets
Die Anleitung ist schon etwas alt, ich bin nicht sicher, ob das alles noch aktuell ist. Aber probier es mal aus.
Frag gern weiter, wenn es Probleme gibt.

Die portable Version von Imagemagick kannst Du am Besten nach /usr/local/bin kopieren, da wird imfuse es finden. Achte nur darauf, daß sie als ausführbar markiert ist (sudo chmod +x /usr/local/bin/magick).

from microscopy-tools.

Mein Versäumnis: Nutze Windows 10/11. Und führe das Script über die Eingabeaufforderung aus.

from microscopy-tools.

Ah, ok. Das ist etwas spezieller, sollte aber prinzipiell möglich sein.
Windows cmd.exe oder powershell werden nicht funktionieren.

Hat Dein Windows WSL oder WSL2?
Falls nicht, geht wahrscheinlich auch Cygwin.

Hast Du Grunderfahrung mit Linux?

Ich hoffe mal, Dein Windows hat WSL oder WSL2.

• In WSL Ubuntu oder Debian installieren.
• Darin dann imfuse und magick nach /usr/local/bin. imagemagick muß dann die Linux-Version sein. (Falls die in WSL nicht funktioniert, dann installiere stattdessen mit sudo apt install imagemagick, ist dann nur eine ältere Version.)
• Beide ausführbar machen. chmod +x /usr/local/bin/imfuse /usr/local/bin/magick
• Die Windows-Dateien (und Deine Bilder) müßten unter /mnt/c/ ... zu finden sein.

from microscopy-tools.

Ok, danke. Hatte ich nicht verstanden, dass das nur unter Linux geht.
Hab's auf einem Linux-Zweitsystem mit installiertem Imagemagick und enfuse probiert -> geht sofort ohne Probleme. Das Ergebnis fand ich auch überzeugend.

Schade, dass es direkt unter Win nicht möglich ist ;)

from microscopy-tools.