modeloriented / dalex2 Goto Github PK

library(tidyverse)
#> -- Attaching packages ------------------------------------------------------------------------------------------------------------ tidyverse 1.2.1 --
#> <U+221A> ggplot2 2.2.1     <U+221A> purrr   0.2.4
#> <U+221A> tibble  1.4.1     <U+221A> dplyr   0.7.4
#> <U+221A> tidyr   0.7.2     <U+221A> stringr 1.2.0
#> <U+221A> readr   1.1.1     <U+221A> forcats 0.2.0
#> -- Conflicts --------------------------------------------------------------------------------------------------------------- tidyverse_conflicts() --
#> x dplyr::filter() masks stats::filter()
#> x dplyr::lag()    masks stats::lag()
library(DALEX2)
#> Welcome to DALEX2 (version: 0.9).
#> 
#> Dołączanie pakietu: 'DALEX2'
#> Następujący obiekt został zakryty z 'package:dplyr':
#> 
#>     explain
library(randomForest)
#> randomForest 4.6-12
#> Type rfNews() to see new features/changes/bug fixes.
#> 
#> Dołączanie pakietu: 'randomForest'
#> Następujący obiekt został zakryty z 'package:dplyr':
#> 
#>     combine
#> Następujący obiekt został zakryty z 'package:ggplot2':
#> 
#>     margin

X <- HR %>% select(-status, -gender)
Y <- HR %>% select(status) %>% unlist()
Y <- if_else(Y=="fired",1,0) %>% as.factor(.)

rf.model <- randomForest(x = X, y = Y, ntree = 500, localImp = TRUE)

f1 <- yhat(rf.model)
f2 <- yhat(rf.model, newdata=X)
f3 <- rf.model$votes

cbind(f1[,2],f2[,2],f3[,2]) %>% as_data_frame %>% head(.)
#> # A tibble: 6 x 3
#>       V1     V2     V3
#>    <dbl>  <dbl>  <dbl>
#> 1 0.872  0.938  0.872 
#> 2 0.982  0.994  0.982 
#> 3 0.983  0.994  0.983 
#> 4 0.764  0.866  0.764 
#> 5 0.0585 0.0220 0.0585
#> 6 0.624  0.794  0.624