esta linea tiene que ser selectInput("datadrop","metadata", choices = ""), sino da error si tu environment esta vacio.

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a

    se<-SummarizedExperiment(assays = list(raw = counts[,rownames(metadata)]),
                             colData = metadata, rowData = attributes)

degPlot(se, genes = isomir_name, xs = columname, log2 = FALSE, slot = 1)

Aqui no se installa or se load ningun paquete, todo va en server.R

Estos son los resutados de DESeq entre los que debemos elegir?

This should be in a separate place and maybe other button can activate it. It will need the isomiR ID and a button to activate that. It could be another tab, or the same tab and plot the PCA or the degPLot depending on the button used.

for each file adding this could help to identify the type of files:

placeholder = "test/mirtop.gff",

No se si había que hacer rowData una tabla interactiva. Funciona mostrando las gráfica pero no se si es posible que no muestre error en la ventana de gráficos antes de seleccionar las lineas.

degPCA(assays(se)[[1]], metadata = colData(se), condition = columname, data = FALSE)

este boton tiene que tener otro nombre, como render plot o algo parecido.

Hace falta una linea arriba como esta: se <- dataInput()

Hola Lorena,

He añadido este contador para indicar que el programa está en activo. A ver que te parece

withProgress(message = 'Calculating',
detail = 'Hold your horses...', value = 0, {
for (i in 1:15) {
incProgress(1/15)
sum(runif(10000000,0,1))
}
})

Para eliminar sequencias muy pocos expresados poner estas lineas arriba de este codigo

    keep <- rowSums(counts>0) > (ncol(counts) * 0.2)
    attributes <- attributes[keep,]
    counts <- counts[keep,]

Creo que con añadir "session" ya contempla que haya diferentes usos de la aplicación no?

Conseguí que funcionara si dejo la variable metadata cargada en memoria por otros medios. También hace la gráfica con diferenciación de colores y demás pero no logro encotrar donde tiene que ir el "selectInput" para que se cargue el datadrop.

esta linea se tiene que cambiar a:

        mutate(attribute = gsub("=", " ", trimws(attribute))) %>% # remove leading/tailing spaces

The below code needs to be in a function that run when a button is activated.

   inFile1 <-input$file1
    if(is.null(inFile1))
      return(NULL)
    #Alacenamos el archiv GFF como inFile2
    inFile2 <-input$file2
    if(is.null(inFile2))
      return(NULL)
    #Establecemos el valor de: rowdata, coldata, metadata y counts.
    colnames<- coldata_extract(inFile2$datapath)
    attributes<-atributes_extract(inFile2$datapath)
    counts<-counts_extract(inFile2$datapath, colnames)
    metadata<-coldata_extract_csv(inFile1$datapath)
    #Registramos la columna de CSV seleccionada como "seleccion"
    seleccion<-input$columna
    #Creamos el objeto SumamarizedExperiment
    se<-SummarizedExperiment(assays = list(raw = counts), colData = metadata, rowData = attributes)