kohnakagawa / implicit_dpd Goto Github PK

density kernelの部分での、周辺粒子密度、重心位置の計算が正しく行われているかのチェックを行う。

FDPSのアップデートが行われたら、gpu版のプロファイリングを再度行い、makeipgのオーバーヘッドの測定を行う。

Groot WarrenのDPDのp-rho依存性とタイムステップと温度の関係を再現するかどうかを確認する。

現在のモデルでは、膜面の法線ベクトルの計算を一つの分子について行っているが、法線ベクトルの見積もりが非常に不正確になる。（脂質分子のbend potentialの大きさが比較的小さく、配向の乱れは非常に大きいと考えられる。）

そのため、配向ベクトルの計算方法を以下のように改良する。

1. ターゲットとなる親水性分子の周りにある疎水性分子の重心位置の計算を行う。
   　　この計算は、density 計算と一緒に行えば良い。
2. ターゲットとなる親水性分子から周りの疎水性分子の重心位置までのベクトルを計算し、配向ベクトルとして採用する。
   　　周りにある疎水性分子の位置の平均を取るため、どれだけ脂質が柔らかくても計算された配向ベクトルは大きく乱れることはない。

リリース版でのアプリケーションではstd::isfiniteは正常に動作しない。インテルコンパイラではデフォルトで動作しないようになっている。詳しくは下記URL

http://stackoverflow.com/questions/7263404/mingw32-stdisnan-with-ffast-math

assertの中にstd::isfiniteを入れている箇所がいくつかあるので、それらをすべて別の関数に置き換える。

反応中心付近で表面張力が増大していることを明白にするために、局所応力テンソルの計算ツールを作成する。

球ベシクルからチューブが生えている状態のスナップショットを作成。その後、慣性主軸方向の基底ベクトルを用いた座標系を構築。その状態で局所応力テンソルを計算し、チューブ先端付近での表面聴力を計算する。

なお、慣性主軸を基底とした座標系構築のプログラムは独立させ、他の解析ルーチンと併用できるようにする。

計算にはmdstresslibを用いる。

現在の実装ではlocal densityの計算と、分子間相互作用の計算をそれぞれ分けて行っている。
そのため、treeの構築を二回行うことになってしまい、非効率である。

treeを一本にして、densityの計算の際に、cutoff距離未満の粒子のpair idを登録しておき、分子間相互作用を計算する際には、pair idを元にして計算を行うように変更する。

calcForceAndWriteBack (tree_for_force.hpp)を用いれば、tree構築の関数を呼び出すことなく、力の計算を行うことができるため、これを利用するように関数を変更する。

FDPS 3.0にして、mpi_bondedのテストが失敗するようになったので、fixする。

Parameterの計算、bondedの計算部分において、systemがamphiphile moleculeのみで構成されることが仮定されているので、すべてsolventを含んだ場合にも対応させるように変更する。

gromacs の edit_confに相当するツールが、溶媒を含んだ系のシミュレーションを行うときに必要。
config_makerと同じ要領で作成する。

test/complex_mdpd のテストがコンパイルできない。
include 内のheaderを書き換える等してコンパイルできるように。

初期のcore amphiphileの空間的分布を局在させた場合とそうでない場合、外膜、内膜に置いた場合などのシミュレーションが容易になるためのツールを用意する。

具体的には、

1. 特定の脂質の半径Rいないに存在する脂質のidを出力する。
2. 1.で特定した脂質分子の座標データのみを含んだxyzファイルを出力する。

を行う。1.はC++で2.はawkまたはpythonを用いて実装する。

1. bendポテンシャルをcore amphiphileのみ変更することを行っていない。
2. 化学反応を取り入れたヴァージョンでのテストが未実施なので行う。

render_glの使い勝手が悪い。具体的には以下の点を改良すべきかと思われる。

1. ホイールが機能しない。
2. 断面の移動が遅い。
3. 描画する粒子半径が異様に小さい場合があり、見にくい。

周期境界をまたぐイメージも存在するため、analysis/adeで用いた連結したイメージを得る方法を利用し、連結イメージを得た後で、慣性半径の計算を行う。

連結イメージを得る事自体は今後多用されることを考えて、ライブラリとして完全に独立させる。header includeのみで使える方が楽。

memb_normal_vect の情報を読み取り、描画の際に反応活性領域のみを描画するように変更を加える。

bonded interactionのMPIを用いた計算がなされていない。

FDPS/src/tree_for_force.hpp 内、epj_org は、各プロセスが担当する領域とその領域内粒子と相互作用している粒子の情報をすべて含んでいる。

epj_orgから分子のtopologyを作成したのち、bonded相互作用を計算できるように改良する。
(LAMMPSの実装が参考にできる。)

1プロセスあたりが持つ粒子数の数を増やしても改善されないので、そもそも通信がうまくいっていない可能性も考えられるが、要調査。

Multi GPUでのベンチマークをとる。