文責:東 光一(国立遺伝学研究所)
PythonによるシングルセルRNA-seq解析。
- Scanpy (前処理)
- scVI (深層生成モデルによるバッチ補正とデノイジング)
Google Colaboratoryバージョンの資料へのリンク
- CellAssign (Cell typeの自動推定)
- scANVI (アトラスとの統合とラベル転移)
- scVelo (RNA速度)
- CellRank (Trajectory解析)
Google Colaboratoryバージョンの資料へのリンク
以下、${TAG}
の部分は、M1 Macなどarm64アーキテクチャの場合は arm64
、それ以外の場合(x86_64)は v2
としてください。
例: docker pull koichihigashi/pags_bioinfo2022:arm64
docker pull koichihigashi/pags_bioinfo2022:${TAG}
git clone https://github.com/khigashi1987/scRNAseq_handson.git
cd scRNAseq_handson
docker run \
-p 8888:8888 \
-v $(PWD):/work/scRNAseq_handson \
koichihigashi/pags_bioinfo2022:${TAG}
出力されたリンク( http://127.0.0.1:8888/ ...のほう)をブラウザで開けば置いてあるipynb実行できます。