issp-center-dev / komega Goto Github PK

sekireiでbuildする際に使っているmake.sysを教えて欲しいです。
preinstallされているとはいえ、自分でも全く同じbuild作業をしておきたいです。

プリインストール版
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/
でのテストをしてみましたので、報告します。

結論から言うと、エラーなく動いたようです。
が、自分で「git clone→configure」したものとは、
ディレクトリ構成が違いました（プリインストール版は古い？）
特にsample fileが見当たりません。
以下では、sample fileは
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-1.0.0-0/sample/ShiftK/from_file
を流用しました。

scriptファイルの確認

Kω用の設定script
$ cat /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komegavars.sh
. /home/issp/materiapps/tool/env.sh
export KOMEGA_ROOT=/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0
export PATH=$KOMEGA_ROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$KOMEGA_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Interactive job用のscript(自前)
$ cat ~/job_int.sh
#!/bin/sh
#QSUB -queue i18cpu
#QSUB -node 1
#QSUB -mpi 1
#QSUB -omp 1
#PBS -l walltime=00:30:00
#PBS -I
$ cd $PBS_O_WORKDIR

実行作業

作業ディレクトリ
/home/k0099/k009900/work/20170705_Komega_wrk01

サンプルファイルのコピー
$ cp -r /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-1.0.0-0/sample/ShiftK/from_file .
$ cp -rp from_file from_file_wrk01
$ cd from_file_wrk01/
$ ll
合計 6
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 283 7月 6 00:48 namelist.def
drwxr-xr-x 2 k009900 k0099 4096 7月 6 00:48 output
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 835 7月 6 00:48 zvo_Excited.dat
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 521 7月 6 00:48 zvo_Ham.dat
$ mv output output_ref

実行：
$ qsub ~/job_int.sh
qsub: waiting for job 765550.sekirei-pbs to start
qsub: job 765550.sekirei-pbs ready
$ script log.txt
Script started, file is log.txt
$ source /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komegavars.sh
$ which ShiftK.out
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/bin/ShiftK.out
$ /home/issp/materiapps/tool/bin/issp-ucount Komega
$ mpijob ShiftK.out namelist.def
mpijob CMD : mpirun -f /tmp/mpiexec.params.k009900.19373
mpijob PARAMS : -d /home/k0099/k009900/work/20170705_Komega_wrk01/from_file_wrk01
r1i0n20 1 omplace -nt 1 "ShiftK.out" "namelist.def"

SGI MPT Placement option

omplace -nt 1

Node MPI

r1i0n20 1

Open input file namelist.def

Number of processes : 1
Number of threads : 1

########## Input FileName ##########

Hamiltonian file : zvo_Ham.dat
Excited state file : zvo_Excited.dat

########## Input Hamiltonian ##########

       Dim. of Hamiltonian :           16          16

Num. of Non-Zero Components : 20
COCG mathod is used.

########## Input Parameter for CG Iteration ##########

Maximum number of loop : 100
Convergence Threshold : 1.000000000000000E-006

########## Input Right Hand Side Vector ##########

Dim. of RHS vector : 16

########## Input Parameter for Spectrum ##########

        Max. of Omega :  (1.00000000000000,1.000000000000000E-002)
        Min. of Omega :  (0.000000000000000E+000,1.000000000000000E-002)
        Num. of Omega :          100
     Calculation type : normal                                                                                                                                                                                                                                                          

########## CG Initialization ##########

BiCG Iteration

iter status1 status2 status3      Residual       Proj. Res.
   1       1       0       1    0.39527E+00    0.50000E+00
   2       2       0       1    0.52678E+00    0.31762E-16
   3      -3       0       1    0.20711E-13    0.92658E-16

Converged in iteration 3

########## Output Restart Parameter ##########

Num. of Iteration (Current Run) : 3
Current Omega_Seed : 0.00000E+00 0.10000E-01

########## Output Restart Vector ##########

Dim. of Residual vector : 16

Done

$ exit
exit
Script done, file is log.txt
$ exit
logout
qsub: job 765550.sekirei-pbs completed

出力ファイルのまとめ

出力ファイル
log.txt
residual.txt
output/ResVec.dat0
output/TriDiagComp.dat
output/dynamicalG.dat
および、もとからあったoutput file
output_ref/ResVec.dat0
output_ref/TriDiagComp.dat
output_ref/dynamicalG.dat
をパッケージ化：
→data_komega_test_20170706.tgz.zip
→添付

data_komega_hoshi_sample_test_20170706.tgz.zip

komegaのv2.0.0でバグと思われるところを発見したので，ご報告いたします．

COCG法の計算を複数回行ったところ，2回目のkomega_COCG_initの呼び出し時に

At line 167 of file komega_cocg.F90
Fortran runtime error: Attempting to allocate already allocated variable 'lz_conv'

というエラーが出て，プログラムが終了しました．
komega_cocg.F90を確認してみたところ，komega_COCG_finalizeが

SUBROUTINE komega_COCG_finalize() BIND(C)
!
USE komega_parameter, ONLY : itermax, lz_conv
USE komega_vals_c, ONLY : alpha_save, beta_save, &
& pi, pi_old, pi_save, z
USE komega_vecs_c, ONLY : p, r_l_save, v3
!
IMPLICIT NONE
!
DEALLOCATE(z, v3, pi, pi_old, p)
!
IF(itermax > 0) THEN
DEALLOCATE(alpha_save, beta_save, r_l_save, pi_save, lz_conv)
END IF
!
END SUBROUTINE komega_COCG_finalize

となっており，itermax=0の場合に，lz_convの開放が行われていないことが原因のようでした．
if文の外に DEALLOCATE(lz_conv) を書き足したら，正しく動作するようになりました．

皆様

インストールに関していくつか要望がありましたので、Autoconfを使った半自動インストールに対応したバージョンをリリースしました。
インターフェースに関しても変更があったのでメジャーアップデートとしました。
https://github.com/issp-center-dev/Komega/releases/tag/v2.0.0
詳しくはマニュアルをご覧ください。

星(鳥取大)です。

Kωの単体利用について、手元のMacで試してみた所、エラーがでました。
FFLAGS=-fopenmp -cpp -g -lblas -llapack
での実行でerrorがでて、詳細をしらべるため、
デバックオプション
FFLAGS=-fopenmp -cpp -g -lblas -llapack -Wall -pedantic -fbounds-check -fbacktrace -O -Wuninitialized -ffpe-trap=invalid,zero,overflow
で試したところ、
At line 106 of file ham_prod.f90
Fortran runtime error: Index '1' of dimension 1 of array 'veco' above upper bound of 0
がでました。

app/src/ham_prod.f90
を調べたところ、
SUBROUTINE ham_prod(veci,veco)
!
USE shiftk_vals, ONLY : ndim, inham
!
IMPLICIT NONE
!
COMPLEX(8),INTENT(IN) :: veci(ndim)
COMPLEX(8),INTENT(OUT) :: veco(ndim)
における、ndimがゼロになっていました。

よろしくお願いします。

以下、作業ログです。

commit : f1e1739 on 15 Feb

gfortranのバージョン表示：
$ gfortran -v
組み込み spec を使用しています。
COLLECT_GCC=gfortran
COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/local/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin12.4.0/4.8.1/lto-wrapper
ターゲット: x86_64-apple-darwin12.4.0
configure 設定: ../gcc-4.8.1/configure --enable-languages=fortran,c++
スレッドモデル: posix
gcc バージョン 4.8.1 (GCC)

gitを用いての作業：
$ git clone https://github.com/issp-center-dev/Komega
$ cd Komega/
$ cp make.sys.in make.sys

make.sysを編集：comment以外は以下の2行
F90=gfortran
FFLAGS=-fopenmp -cpp -g -lblas -llapack -Wall -pedantic -fbounds-check -fbacktrace -O -Wuninitialized -ffpe-trap=invalid,zero,overflow

実行ファイルができる
Komega/app/src/ShiftK.out

テストディレクトリ：
Komega/app/sample/from_file
以下を実行。

画面ログ

$ ../../src/ShiftK.out namelist.def
Open input file namelist.def

Number of processes : 1
Number of threads : 4

########## Input FileName ##########

Hamiltonian file : zvo_Ham.dat
Excited state file : zvo_Excited.dat

########## Input Hamiltonian ##########

       Dim. of Hamiltonian :           16          16

Num. of Non-Zero Components : 20
COCG mathod is used.

########## Input Parameter for CG Iteration ##########

Maximum number of loop : 100
Convergence Threshold : 9.9999999999999995E-007

########## Input Right Hand Side Vector ##########

Dim. of RHS vector : 16

########## Input Parameter for Spectrum ##########

        Max. of Omega :  (  1.0000000000000000     ,  1.0000000000000000E-002)
        Min. of Omega :  (  0.0000000000000000     ,  1.0000000000000000E-002)
        Num. of Omega :          100
     Calculation type : normal                                                                                                                                                                                                                                                          

########## CG Initialization ##########

BiCG Iteration

iter status1 status2 status3      Residual       Proj. Res.

At line 106 of file ham_prod.f90
Fortran runtime error: Index '1' of dimension 1 of array 'veco' above upper bound of 0