Le package R fmtsas permet d’importer dans R des données servant à construire des formats SAS.
Pour cela, il construit une liste de vecteurs, à partir de tables SAS ou de programmes SAS. Cette liste pourra ensuite être utilisée pour effectuer des conversions ou agrégations.
Le package ne gère (pour l’instant) que des formats caractères comportant un nombre défini de modalités.
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("InseeFrLab/fmtsas")library(fmtsas)En entrée un data.frame qui proviendra typiquement d’une table SAS
servant dans une proc format avec l’option CNTLIN=.
format_data <-
data.frame(
FMTNAME = c( "fmt1_", "fmt1_", "fmt1_", "fmt1_", "sexe", "sexe"),
TYPE = c( "C", "C", "C", "C", "C", "C"),
START = c( "A", "B", "C", NA, "1", "2"),
LABEL = c( "A", "BC", "BC", "ERROR", "Homme", "Femme"),
HLO = c( NA, NA, NA, "O", NA, NA)
)
conv_t <- from_tab(format_data)
conv_t
#> $fmt1_
#> # a character `fmtsas` object
#> A B C
#> "A" "BC" "BC"
#> [other] "ERROR"
#> $sexe
#> # a character `fmtsas` object
#> 1 2
#> "Homme" "Femme"En entrée un programme SAS contenant une ou plusieurs proc format avec
value(s).
test_pgm <-
'PROC FORMAT;
VALUE $ sexe "1"="Homme" "2"="Femme" ;
value vnum
0-99 = "petit" 100-high = "grand" ;
value $rega /* (geographie) */
"01", "02", "03", "04", "06" = "Outre-mer"
"11", "24", "27", "28", "32",
"44", "52", "53", "75", "76",
"84", "93", "94" = "Métropole"
other = "ERREUR" ;
RUN;'
conv_p <- from_pgm(test_pgm)
#> Warning in from_pgm(test_pgm):
#> Format(s) numerique(s) ignore(s) :
#> vnum
conv_p
#> $sexe
#> # a character `fmtsas` object
#> 1 2
#> "Homme" "Femme"
#>
#> $rega
#> # a character `fmtsas` object
#> 01 02 03 04 06 11
#> "Outre-mer" "Outre-mer" "Outre-mer" "Outre-mer" "Outre-mer" "Métropole"
#> 24 27 28 32 44 52
#> "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole"
#> 53 75 76 84 93 94
#> "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole"
#> [other] "ERREUR"Les fonctions from_tab et from_pgm retournent toutes deux une liste
de vecteurs :
- les noms de la liste correspondent aux noms des formats SAS ;
- les éléments de la liste sont des vecteurs contenant les relations entre valeurs initiales et valeurs converties ;
- chaque élément a un éventuel attribut
"other"; - chaque élément est un objet de type
fmtsas_c, ce qui permet notamment d’utiliser[]avec prise en compte des valeurs par défaut (other). Cf. infra pour plus de détails sur cet opérateur.
Par exemple, si l’on a un jeu de données avec des codes pour lesquels on souhaite avoir une correspondance en clair et/ou une agrégation.
donnees <-
data.frame(
ID = c("001", "002", "003", "004", "005"),
SEXE = c( "1", "2", "1", "2", "#"),
REG = c( "04", "11", "##", NA, "24")
)On utilise les listes générées par les fonctions from_* et l’opérateur
[] pour objet “fmtsas” :
donnees$SEXE_LIB <- conv_t$sexe[donnees$SEXE]
donnees$REG2 <- conv_p$rega[donnees$REG]
donnees
#> ID SEXE REG SEXE_LIB REG2
#> 1 001 1 04 Homme Outre-mer
#> 2 002 2 11 Femme Métropole
#> 3 003 1 ## Homme ERREUR
#> 4 004 2 <NA> Femme ERREUR
#> 5 005 # 24 # MétropoleUtiliser
[]sur un élément d’une liste créée parfrom_taboufrom_pgmfonctionne comme une sélection sur des vecteurs normaux, à la différence que d’éventuelsNAseront remplacés par :
- la valeur contenue dans l’attribut “other”, si cet attribut est présent ;
- la valeur initiale, s’il n’y a pas d’attribut “other”.
Ces modifications ont pour but de reproduire le comportement d’un format SAS.
Pour que cet opérateur dédié soit utilisé, il faut que le package soit chargé. Dans le cas contraire, l’opérateur
[]de base sera utilisé.
Le package offre également la possibilité de rechercher dans un
programme SAS les instructions qui créent des variables à partir de
formats (de la forme NEW = put(OLD, $var.);), pour générer le code R
correspondant :
pgm_sas <-
"data t2 ; set t1 ;
SEXE_LIB = put(SEXE, $sexe.) ;
REG2 = put(REG, $rega.) ;
run ;"
convert_put(pgm_sas, fmt_list = "conv_p", style = "dplyr")
#> mutate(
#> SEXE_LIB = conv_p$sexe[SEXE],
#> REG2 = conv_p$rega[REG]
#> )
convert_put(pgm_sas, fmt_list = "conv_p", style = "base")
#> <donnees>$SEXE_LIB <- conv_p$sexe[<donnees>$SEXE]
#> <donnees>$REG2 <- conv_p$rega[<donnees>$REG]Il ne reste plus qu’à copier ces instructions dans un programme R (après quelques éventuels ajustements).
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