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Mir ist gerade aufgefallen, dass die Zuweisung von gate typen zu gate ids leider alle möglichen Permutationen zuläßt. Schau die zum Beispiel die optimalen toy modelle an, es gibt 4 Lösungen:

 g2 * !g1
!g2 *  g1

!g1 * !g3
!g3 * !g1

Das wollen wir natürlich nicht. Bin mir aber nicht sicher wie schwierig es ist, das durch Constraints rauszubekommen.

Hey Katinka,
bin gerade dabei die beiden "eindeutige inputs" Bedingungen zu beschreiben:

% inputs must not be positive and negative in the same gate
:- gate_input(GateID,positive,MiRNA), gate_input(GateID,negative,MiRNA).

% an input cannot be used for two different gates
:- gate_input(X,_,MiRNA), gate_input(Y,_,MiRNA), X<Y.

Dabei ist mir aufgefallen, dass man die beiden Bedingungen durch folgenden Zeile ersetzen kann

{gate_input(GateID,Sign,MiRNA): is_sign(Sign),is_gate(GateID)} 1 :- is_miRNA(MiRNA).

Oder übersehe ich da was?

is_gate_type sollte hier glaube ich ausserhalb des count constraints stehen, also anstatt von

% the number of occurences of a gate type is bounded
{gate_type(GateID,GateType): is_gate_type(GateType), is_gate_id(GateID)} X :- 
upper_bound_gate_occurence(GateType,X).

besser

{gate_type(GateID,GateType): is_gate_id(GateID)} X :- is_gate_type(GateType), 
upper_bound_gate_occurence(GateType,X).

andererseits sind die Lösungen in beiden Fällen wohl gleich..

Ich glaube wir haben die priorities im optimize statement verwechselt. Aus dem Handbuch:

#maximize[ hd(1)=250@1, hd(2)=500@1, hd(3)=750@1, hd(4)=1000@1 ].
#minimize[ hd(1)=30@2, hd(2)=40@2, hd(3)=60@2, hd(4)=80@2].

The priority levels indicate that (minimizing) price is more important than (maximizing) capacity.

Das heißt es wird zuerst 2 und dann 1 optimiert. Habe das eben entdeckt, als ich casestudy04 ausprobiert habe.