haozheng-sjtu / 3d-airway-segmentation Goto Github PK

Thanks for you code. Can you release your training dataset, or some details about annotations of CT ?

请问一下能否提供数据预处理部分的代码，如distance-based weight如何计算，airway skeleton如何得到,谢谢

作者您好，首先感谢公开支气管分割框架，对我帮助很大！看了您的《Alleviating Class-wise Gradient Imbalance for
Pulmonary Airway Segmentation》后，在网络设计方面有一些疑惑: 您参考的论文将SE拓展为cSE(原始的), sSE(WingsNet采用的）和scSE(二者结合)，参考的论文中做过一些对照实验，结果表明第三类变种在医学分割任务中性能最好，

您在WingsNet中为什么采用sSE而不是scSE呢？

您好，我看在您的tree_parse代码中，有做中心线树形结构重建的步骤。一般来说，骨架化提取中心线会带来很多成环的情况，我也用您的代码发现有一部分的拓扑结构误差，请问您后续有做更进一步的处理吗

作者你好，请问EXACT09 训练集01~20的标签在哪儿下载啊

您好，打扰一下，我看了您的代码，没有发现要训练主函数，这个是没有呢，还是我没有找到？

您好，在阅读了论文和您的代码后，感觉收获很大，但是仍然有以下一些疑问：
1、dist_path = os.path.join(self.path, self.path_list[6*(idx//self.sample_num)+1]) #distance-based weight请问在现有的代码中是不是没
有编写保存呢？我浏览了其他的issue，并在代码中找到了这样一行代码，请问这里的edt就是distance吗？edt, inds = ndimage.distance_transform_edt(1-skeleton_parse, return_indices=True)
2、您的网络有两个输出，请问在训练过程中，两个输出都要参与训练吗？如果都是的话请问具体是怎么增强训练呢？
3、请问tree_parse.py中产生的parent_map和children_map有什么作用呢？
期待您的解答，非常感谢！

您好，请问您是如何上交EXACT09的结果的。为什么我申请之后上交不了呢

很棒的工作！我看到同时有preprocessing目录和单独的preprocessing.py，请问目前预训练用的是哪些文件呢？感谢

可以上传一下对应的image吗

Can you provide training steps and test steps in Readme? The airway data is nii.gz format, evaluation The test data required in evaluation.py is in npy format. Can you provide the conversion steps between them?

Hi

Wish you all good!

I would like to know to how do network predict in evaluate.py. Do I have to provide medical image data type in npy instead of nii and it save in directory /data_path/ ?

best regards

您好，我想问下BAS中train val test中包含的数据就是您文章中所写的数据分类方式吗？也就是您只拿EXACT09数据集的数据进行val，并未train是吗？