PubMed est connu pour être le principal moteur de recherche de données bibliographiques dans le domaine de la biologie et de la médecine. Il a été développé par le Centre américain pour les informations biotechnologiques (NCBI), et est hébergé par la Bibliothèque américaine de médecine. Cet entrepôt bibliographique est un moteur de recherche gratuit donnant accès à la base de données bibliographique MEDLINE, rassemblant des citations et des résumés d'articles de recherche biomédicale. Ainsi, l’objectif principal de ce projet sera de générer des graphes de citations pour un ensemble d'articles et par la suite d'analyser ces graphes. Pour cela, la génération d’un script va devoir être générer afin de pouvoir extraire les données et de part, utiliser Gephi pour visualiser l’ensemble des citations et les relations existantes entre- elles.

Afin de faciliter l’utilisation du code par des utilisateurs quelconques, un package informatique a été développé. Différentes méthodes dans ce package permettrons une analyse appronfondie des besoins.

from PythonProject import ExtractCitation >>> objctExtract = ExtractCitation ()

objctExtract.retrievePubmedNotice()

objctExtract.getPmidMedelieCitation(xmlFile)

objctExtract.getPmidCommentCorrectionList(xmlFile)

objctExtract.getPmidCommentCorrectionListCiter(xmlFile)

objctExtract.getArticlesCitedBy(pmid)

objctExtract.listArticlesCorpusPmid()

objctExtract.articlesInGraph()

objctExtract.articleIsFromOriginalCorpus()

objctExtract.arcticle_max_citation()

objctExtract. article_cite_by()

objctExtract. max_ArticlesCitedBy_citate()

objctExtract.trieArticleCitationMax()

objctExtract.trieArticleCitationMax()