Eu rodei o projeto na versão 16.15.0 do node e 8.5.5 do npm e instalei o MongoDB pelo docker, também consegui rodar no download normal do Mongo, se rodar a versão baixada no site do mongo não precisa criar o usuário de admin e se não mudou as configurações do mongo a string do URI de exemplo já está certa.

Para rodar o projeto clone o repositorio e depois acesse ele e instale as bibliotecas com o seguinte comando

npm install

Crie o arquivo .env com os seus dados seguindo o exemplo do .env.example

O token do github você gera aqui, eu acredito que não precisa marcar nenhuma permissão para rodar em projeto público, mas se for projeto privado talvez tenha que escolher alguma opção.

Eu recomendo rodar salvando a saída em algum arquivo de texto, execute o script da seguinte forma:

node . >> log.txt

Se preferir não salvar em um arquivo de log e só deixar a saida no terminal, rode o script com:

node .

Se der algum erro (menos o erro 404, esse significa que a issue foi deletada) quando tiver buscando alguma issue você vai ter que fazer algumas modificações no código para pegar só o que deu erro, para isso edite no loop a issue que você precisa:

for(let i = ISSUE QUE DEU ERRO; i <= ISSUE QUE DEU ERRO; i++) {

Se for varias issues em sequencia voce pode mudar o alcance do loop.

Deu o seguinte erro no arquivo de log

Got an error while fetching issue timeline 1337, message: erro de exemplo

Você vai mudar o alcance do loop do for para pegar a issue 1337 e comentar as linhas que salvam no banco de dados da issues/comments/events/pull, uma vez que você só precisa dos dados da timeline

A unica exceção é quando da erro ao buscar a issue, porque ai você não precisa comentar nada, o script vai pular essa issue por completo.