Ce module permet de gérer de façon générique des données de protocoles "simples" articulés en 3 niveaux : des sites (nom, type, localisation) dans lesquels on fait des visites (dates, observateurs) dans lesquelles on peut faire des observations (espèces).

Ces 3 niveaux peuvent être complétés des données spécifiques à chaque protocole, qui sont stockées dynamiquement dans la base de données sous forme de jsonb.

Le module permet de générer des sous-modules (stockés dans la table gn_commons.t_modules) pour chaque protocole de suivi. Ils s'appuient sur les champs fixes des 3 tables gn_monitoring.t_base_sites, gn_monitoring.t_base_visits et gn_monitoring.t_observations qui peuvent chacunes être étendues avec des champs spécifiques et dynamiques stockés dans des champs de type JSONB.

Les champs spécifiques de chaque sous-module sont définis dans des fichiers de configuration au format json.

Pour chaque sous-module, correspondant à un protocole spécifique de suivi, il est ainsi possible d'ajouter dynamiquement des champs de différent type (liste, nomenclature, booléen, date, radio, observateurs, texte, taxonomie...). Ceux-ci peuvent être obligatoires ou non, affichés ou non et avoir des valeurs par défaut. Les listes d'observateurs et d'espèces peuvent aussi être définies au niveau de chaque sous-module, en fonction du contexte du protocole de suivi.

Des fonctions SQL ainsi qu'une vue définie pour chaque protocole permettent d'alimenter automatiquement la synthèse de GeoNature à partir des données saisies dans chaque sous-module.

• Installation
• Gestion de la synthèse
• Documentation technique
• Création d'un sous-module
• Mise à jour du module

• Avoir GeoNature installé à la version 2.5.2 ou plus.

Pour récupérer le code source du module, vous pouvez le télécharger ou le cloner.

get https://github.com/PnX-SI/gn_module_monitoring/archive/X.Y.Z.zip
unzip X.Y.Z.zip

Avec X, Y, Z correspondant à la version souhaitée.

git clone https://github.com/PnX-SI/gn_module_monitoring.git

cd <path_to_geonature>
source backend/venv/bin/activate

geonature install_gn_module <path_to_module_monitoring> monitorings

Cela lance un rebuild du frontend que vous pouvez éviter (et faire ultérieurement) en faisant :

geonature install_gn_module <path_to_module_monitoring> monitorings --build=false

Par exemple le sous-module test présent dans le repertoire contrib/test du module de suivi.

cd <path_to_geonature>
source backend/venv/bin/activate

flask monitorings install <chemin_absolu_vers_le_sous_module>

• Par défaut la commande d'installation extrait le code du module depuis le chemin.
• Par exemple <chemin_absolu_vers_le_module_de_suivi>/contrib/test/ donnera la valeur test à module_code.
• Le caractère / à la fin de <chemin_absolu_vers_le_sous_module> est optionnel.

Si la commande précise que le module est déjà installé (test sur le module_code) on peut préciser une valeur différente pour module_code avec la commande :

flask monitorings install <chemin_absolu_vers_le_sous_module> <module_code>

Enfin si on choisit d'installer plusieurs sous-modules, pour aller plus vite on peut faire

flask monitorings install <chemin_absolu_vers_le_sous_module> --build=false

Cela évite de reconstruire le frontend à chaque fois. Une fois tous les modules installés on peut faire (afin d'avoir les images dans le menu des sous-modules).

geonature frontend_build

Le sous-module installé précedemment doit s'afficher dans la liste des sous-modules.

Vous êtes désormais sur la page du sous-module. Un message apparaît pour vous indiquer de configurer le module.

Le formulaire d'édition du module s'affiche et vous pouvez choisir les variable suivantes :

• Jeux de données (obligatoire) :
  • Un module peut concerner plusieurs jeux de données, le choix sera ensuite proposé au niveau de chaque visite.
• Liste des observateurs (obligatoire):
  • La liste d'observateurs définit l'ensemble de observateurs possible pour le module (et de descripteurs de site).
  • Cette liste peut être définie dans l'application UsersHub.
• Liste des taxons (obligatoire selon le module) :
  • Cette liste définit l'ensemble des taxons concernés par ce module. Elle est gérée dans l'application TaxHub.
• Activer la synthèse (non obligatoire, désactivée par défaut) ?
  • Si on décide d'intégrer les données du sous-module dans la synthèse de GeoNature.
• Affichage des taxons (obligatoire) ?
  • Définit comment sont affichés les taxons dans le module :
    • lb_nom : Nom latin,
    • nom_vern,lb_nom : Nom vernaculaire par defaut s'il existe, sinon nom latin.
• Afficher dans le menu ? (non obligatoire, non affiché par défaut) :
  • On peut décider que le sous-module soit accessible directement depuis le menu de droite de GeoNature.
  • active_frontend
• Options spécifiques du sous-module :
  • Un sous-module peut présenter des options qui lui sont propres et définies dans les paramètres spécifiques du sous-module.

D'autres exemples de sous-modules sont disponibles sur le dépôt https://github.com/PnCevennes/protocoles_suivi :

• Protocole de suivi des oedicnèmes,
• Protocole de suivi des mâles chanteurs de l'espèce chevêche d'Athena;
• Protocole Suivi Temporel des Oiseaux de Montagne (STOM)