aliciamstt / oyamelesgbs Goto Github PK

Va a depender de que esté listo ipyRAD en CONABIO, sino en JB.

Ordenar información y terminar V3

Redactar en inglés

Se hará con las muestras de Jorge ya que ensamblar con todo Abies regliosa y flinckii puede sesgar los datos a esas especies y perder info para la filotecnia

Instalar correctamente en R
Y correr mapeo prueba de Kallisto

Redactar en inglés

Evaluar distintos valores para los parámetros 14 11-12 y 20 con las muestras originales y replicadas.

Propongo separar las muestras (Filogenias) después del paso 6 (clustering entre muestras, con un parámetro 14 relativamente laxo, posiblemente un 0.75) y utilizar valores de parámetros estrictos para el control de parálogos.

Aplicar desequilibrio de ligamiento

La última placa se secuencia con 4000, y las anteriores con 2500, por lo tanto para no tener problemas de diferencia en profundidad, se hará un submuestreo al azar de la placa de 4000 para tener el mismo número de reas que en las placas anteriores.