aliciamstt / bioinfinvrepro2017-ii Goto Github PK

Cuida tu md, sale la mayor parte del texto en negritas y no estoy segura que esto lo hayas hecho a proósito.

Sobre tus dudas:

No entiendo que es y para que es -b (batch_id)

Sirve para identificar diferentes corridas con pruebas distintas, puedes dejarlo en 1.

Aun no me queda claro en que momento cargas la base de datos con los SNP's y en que formato deben ir estos.

La base de datos de SNPs tienes que generarla con el propio Stacks. populations es un programa downstream que asume que ya corriste todo lo demás, es decir denovo_map.pl (de novo ) o ref_map.pl (si tienes genoma de referencia).

Instalar Stacks NO ES TRIVIAL, por lo que si no lo has hecho ya, apúrale y córrelo con los datos de prueba para garantizar que funcione.

Estoy checando que no se reflejaron mis avances. El archivo lo subí el viernes como quedamos y me aseguré de que se reflejara en el documento, hice el commit y el pull request. De todas formas, mis avances los tengo desde el 25 de abril y la fecha se ve reflejada en mi repositorio.

Voy a volver a hacer el pull request.

Saludos.