Петропавловский Андрей группа №2
Ссылка на коллаб: тык

BS-seq

РНК

Можно заметить, что процент GC для рнк, как минимум больше, а для некоторых последовательностей больше в несколько раз.

BS-seq

РНК

В случае рнк имеем нормально распределение, в случае с bs-seq график представляет из себя что-то непонтное (для меня) с перепадами значений

• Числом ридов, закартированных на участки
  • 11347700-11367700
    • 8cell: 1090
    • epiblast: 2328
    • icm: 1456
  • 40185800-40195800
    • 8cell: 464
    • epiblast: 1062
    • icm: 630

• 8cell: ~82%
• epiblast: ~97%
• icm: ~91%

!ls *pe.bam | xargs -P 4 -tI{} deduplicate_bismark  --bam  --paired  -o s_{} {}

Покрытие 8cell Покрытие epiblast

Покрытие icm