clinfo / improved_rdock Goto Github PK
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License: GNU Lesser General Public License v3.0
rDockで複数のLigandをドッキングする際に、時間とともに、使用メモリーが増加する問題があり、ドッキング異常終了することもある。
図1 improved-rDock の使用メモリの時系列プロット。
メモリの増加の原因を調べたところ、 r bdock.cxx ファイルの 1 091 行目から始まるデバッ
グライト文をコメントアウトすることにより、メモリの増加が解消することを確認した( 図
2 )。
図2 improved-rDock の使用メモリの時系列プロット。デバッグライト文のコメントアウト後の
データもプロット。
従って、これまではこのデバッグライト文が あることにより生じるメモリの増加が原因で、 1 ノー
ドあたり処理できるリガンド数が制限 されている状況だった考えられる。
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